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万見
- PDB-2h2u: Crystal structure of the E130Y mutant of human soluble calcium-ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h2u
タイトルCrystal structure of the E130Y mutant of human soluble calcium-activated nucleotidase (SCAN) with calcium ion
要素Soluble calcium-activated nucleotidase 1
キーワードHYDROLASE / NUCLEOTIDASE / FIVE-BLADE BETA PROPELLER / CALCIUM-BINDING PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside diphosphate phosphatase / UDP phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / proteoglycan biosynthetic process / Golgi cisterna membrane / specific granule lumen / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction ...nucleoside diphosphate phosphatase / UDP phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / proteoglycan biosynthetic process / Golgi cisterna membrane / specific granule lumen / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apyrase / Apyrase / Apyrase superfamily / Apyrase / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble calcium-activated nucleotidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yang, M. / Horii, K. / Herr, A.B. / Kirley, T.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Calcium-dependent dimerization of human soluble calcium activated nucleotidase: characterization of the dimer interface.
著者: Yang, M. / Horii, K. / Herr, A.B. / Kirley, T.L.
履歴
登録2006年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble calcium-activated nucleotidase 1
B: Soluble calcium-activated nucleotidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7644
ポリマ－75,6842
非ポリマー802
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.891, 52.412, 77.806
Angle α, β, γ (deg.)100.940, 106.510, 99.320
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a dimer (chains A and B) in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Soluble calcium-activated nucleotidase 1 / SCAN-1 / Apyrase homolog / Putative NF-kappa-B-activating protein 107 / Putative MAPK-activating protein PM09


分子量: 37842.098 Da / 分子数: 2 / 変異: E90Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CANT1, SHAPY / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8WVQ1, nucleoside diphosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 16% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH4.8, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97182 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日
放射モノクロメーター: Si 220 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97182 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 20989 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 2.56 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Num. unique all: 2060 / Χ2: 3.063 / % possible all: 83.8

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å47.01 Å
Translation2.8 Å47.01 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S1D

1s1d


解像度: 2.4→47.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 11.185 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1075 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.22 ---
obs0.22 20960 86.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.135 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20.02 Å2-0.01 Å2
2--0.02 Å20.02 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5004 0 2 29 5035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.9456974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5245630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8124.057244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.25715830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5111530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023968
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.22209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.23404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0750.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3060.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7261.53196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28525038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46532248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3054.51936
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 74 -
Rwork0.304 1325 -
obs-1399 78.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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