PDB-2h1n: 3.0 A X-ray structure of putative oligoendopeptidase F: crystals ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h1n

タイトル

3.0 A X-ray structure of putative oligoendopeptidase F: crystals grown by vapor diffusion technique

要素

Oligoendopeptidase F

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Gerdts, C.J. / Tereshko, V. / Dementieva, I. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Kossiakoff, A. / Ismagilov, R.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2006
タイトル: Time-Controlled Microfluidic Seeding in nL-Volume Droplets To Separate Nucleation and Growth Stages of Protein Crystallization.
著者: Gerdts, C.J. / Tereshko, V. / Yadav, M.K. / Dementieva, I. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Stevens, R.C. / Kuhn, P. / Kossiakoff, A. / Ismagilov, R.F.

履歴

登録	2006年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

Remark 999

SEQUENCE At the time of processing, the sequence of this protein is not available at the UNP ...

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h1n.cif.gz	231 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h1n.ent.gz	194.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2h1n_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h1n_full_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示
XML形式データ	2h1n_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	2h1n_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2h1jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2h1j-2 2h1j-1 3ahm-1 3ahm-2 3aho-1 1o86-d 3ahn-1 3ahn-2 1uzf-d 4msf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC36224

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oligoendopeptidase F

B: Oligoendopeptidase F

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oligoendopeptidase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Oligoendopeptidase F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.987, 119.987, 249.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	PHE	A	A	2 - 27	5 - 30
2	1	LYS	PHE	B	B	2 - 27	5 - 30
3	2	GLY	LEU	A	A	31 - 35	34 - 38
4	2	GLY	LEU	B	B	31 - 35	34 - 38
5	3	ILE	TYR	A	A	43 - 91	46 - 94
6	3	ILE	TYR	B	B	43 - 91	46 - 94
7	4	LYS	GLY	A	A	110 - 211	113 - 214
8	4	LYS	GLY	B	B	110 - 211	113 - 214
9	5	PHE	ALA	A	A	215 - 319	218 - 322
10	5	PHE	ALA	B	B	215 - 319	218 - 322
11	6	LYS	ASN	A	A	323 - 376	326 - 379
12	6	LYS	ASN	B	B	323 - 376	326 - 379
13	7	PRO	ILE	A	A	378 - 480	381 - 483
14	7	PRO	ILE	B	B	378 - 480	381 - 483
15	8	TYR	ASP	A	A	481 - 489	484 - 492
16	8	TYR	ASP	B	B	481 - 489	484 - 492
17	9	TYR	LEU	A	A	490 - 564	493 - 567
18	9	TYR	LEU	B	B	490 - 564	493 - 567

#1: タンパク質	Oligoendopeptidase F 分子量: 66994.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: GK0963 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5L1D2*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Hampton research SaltRX condition #96: 0.1M Bis-Tris Propane buffer, 60% Tascimate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月1日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS. K-B GEOMETRY
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 42052 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 28.048 / SU ML: 0.225 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.222 / ESU R Free: 0.315
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. WE HAVE DETECTED THE DIFFERENCE ELECTRON DENSITY AT >2.5 SIGMA LEVEL IN THE CENTER GROOVE OF THE MOLECULE. WE HAVE USED TASCIMATE (THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	2088	5 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.186	39493	98.2 %	-
all	-	41581	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.67 Å²	0.34 Å²	0 Å²
2-	-	0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9358	0	14	6	9378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	9614
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.047	1.878	13008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.871	5	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.909	23.358	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.001	15	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.374	15	82
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	4227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	6669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.537	1.5	5772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.733	2	9068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.238	3	4393
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.857	4.5	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2112	tight positional	0.03	0.05
2245	medium positional	0.27	0.5
2112	tight thermal	0.04	0.5
2245	medium thermal	0.39	2

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	147	-
R_work	0.293	2775	-
obs	-	-	95.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2603	0.1992	0.4545	0.8554	0.0142	1.2128	-0.0338	0.0444	0.2972	0.0576	-0.1018	-0.0266	-0.3695	-0.1406	0.1356	-0.029	0.0925	0.0478	-0.1634	-0.0368	-0.0636	41.5259	32.2999	104.2833
2	0.6552	-0.2436	0.2454	1.4361	-0.4863	0.8006	0.0616	-0.1022	-0.1184	0.074	-0.0453	0.0675	0.144	-0.2512	-0.0163	-0.1471	-0.1232	0.0711	-0.0387	-0.0423	-0.148	92.2147	83.9083	111.8808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 564	3 - 567
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C - G	601 - 607	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 564	3 - 567
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	D - J	701 - 707	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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