PDB-2h0v: Crystal structure of a putative quercetin 2,3-dioxygenase (yxag, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h0v

タイトル

Crystal structure of a putative quercetin 2,3-dioxygenase (yxag, bsu39980) from bacillus subtilis at 2.60 A resolution

要素

Quercetin 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Double-stranded beta-helix / bicupin / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (2636545) from Bacillus subtilis at 2.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 999

SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h0v.cif.gz	157.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h0v.ent.gz	121.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h0v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1y3t-d 6j1h-2 5ksq-d 6era-1 5xeo-d 2f9a-1 3vbe-1 6j1j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367501

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Quercetin 2,3-dioxygenase

B: Quercetin 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

78.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.416, 128.659, 133.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B
9	1	A
10	1	B
11	1	A
12	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	VAL	VAL	4	A	A	4 - 162	5 - 163
2	1	LEU	LEU	VAL	VAL	4	B	B	4 - 162	5 - 163
3	2	PHE	PHE	ALA	ALA	1	A	A	163 - 173	164 - 174
4	2	PHE	PHE	ALA	ALA	1	B	B	163 - 173	164 - 174
5	3	LYS	LYS	ARG	ARG	6	A	A	174 - 322	175 - 323
6	3	LYS	LYS	ARG	ARG	6	B	B	174 - 322	175 - 323
7	4	ILE	ILE	LYS	LYS	5	A	A	323 - 333	324 - 334
8	4	ILE	ILE	LYS	LYS	5	B	B	323 - 333	324 - 334
9	5	VAL	VAL	PRO	PRO	1	A	A	334 - 337	335 - 338
10	5	VAL	VAL	PRO	PRO	1	B	B	334 - 337	335 - 338
11	6	FE	FE	TLA	TLA	4	A	C - F	500 - 503
12	6	FE	FE	TLA	TLA	4	B	O - R	500 - 503

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Quercetin 2,3-dioxygenase / Quercetinase / Flavonol 2 / 4-dioxygenase 分子量: 38125.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: qdoI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42106, quercetin 2,3-dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 338分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.67 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop 詳細: 10.0% PEG-3350, 0.4M Ammonium Tartrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.019976

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月12日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.019976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→29.778 Å / Num. obs: 52320 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 59.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_sym value	% possible all
2.6-2.67	4.9	0.771	1	18694	3831	0.771	100
2.67-2.74	5.4	0.673	1.1	20175	3742	0.673	100
2.74-2.82	5.5	0.516	1.5	20117	3627	0.516	100
2.82-2.91	5.5	0.435	1.7	19575	3538	0.435	100
2.91-3	5.5	0.343	2.2	18852	3425	0.343	100
3-3.11	5.5	0.238	3.2	18320	3315	0.238	100
3.11-3.22	5.5	0.195	3.8	17646	3216	0.195	100
3.22-3.36	5.5	0.158	4.7	16947	3088	0.158	100
3.36-3.51	5.5	0.122	5.9	16237	2960	0.122	100
3.51-3.68	5.5	0.102	7.1	15607	2853	0.102	99.9
3.68-3.88	5.5	0.091	7.8	14788	2691	0.091	100
3.88-4.11	5.5	0.076	9.2	14012	2559	0.076	99.9
4.11-4.39	5.5	0.061	11.2	13128	2405	0.061	99.8
4.39-4.75	5.4	0.054	12.4	12404	2278	0.054	99.7
4.75-5.2	5.4	0.052	13	11197	2066	0.052	99.6
5.2-5.81	5.4	0.052	12.9	10178	1888	0.052	99.6
5.81-6.71	5.3	0.046	14.8	8903	1669	0.046	99.4
6.71-8.22	5.3	0.037	17.8	7535	1427	0.037	99.1
8.22-11.63	5.1	0.03	19.9	5752	1129	0.03	98.7
11.63-29.78	4.6	0.027	21	2811	613	0.027	92.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1y3tA

解像度: 2.6→29.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 11.787 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	2666	5.1 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.169	52271	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5206	0	112	312	5630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	5454
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.972	7358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.808	3	11256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.17	5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.217	23.794	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.623	15	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.409	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6077
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	5067
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.192	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.284	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.192	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.087	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.608	3	3430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.382	3	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.609	5	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.545	8	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.309	11	1988

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
191	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2431	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
2328	LOOSE POSITIONAL	0.24	5
191	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
2431	MEDIUM THERMAL	0.72	2
2328	LOOSE THERMAL	1.88	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	211	-
R_work	0.291	3614	-
obs	-	3825	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.99	0.4495	-0.1217	2.3737	-0.236	1.7383	0.0266	-0.0863	0.1744	0.2802	0.0379	0.2698	-0.3119	-0.1031	-0.0645	-0.0414	0.0806	0.0387	-0.115	-0.0138	-0.0592	-8.3748	9.5945	-28.6032
2	0.688	-0.0908	0.0432	2.2175	-0.5328	1.4345	-0.0462	0.0944	-0.0573	-0.2966	0.1145	0.4108	0.2483	-0.2028	-0.0684	-0.0724	-0.0018	-0.0635	-0.0464	0.011	-0.0359	-16.2788	-17.2425	-43.1058

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 337
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)