PDB-2gzu: High-resolution structure determination of the CylR2 homodimer us...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gzu

タイトル

High-resolution structure determination of the CylR2 homodimer using intermonomer distances from paramagnetic relaxation enhancement and NMR dipolar couplings

要素

cytolysin regulator 2

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / helix-loop-helix DNA binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing

データ登録者

Rumpel, S. / Becker, S. / Zweckstetter, M.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2008
タイトル: High-resolution structure determination of the CylR2 homodimer using paramagnetic relaxation enhancement and structure-based prediction of molecular alignment
著者: Rumpel, S. / Becker, S. / Zweckstetter, M.

履歴

登録	2006年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gzu.cif.gz	747.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gzu.ent.gz	637.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gzu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gzu_validation.pdf.gz	349.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gzu_full_validation.pdf.gz	493.7 KB	表示
XML形式データ	2gzu_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	2gzu_validation.cif.gz	51.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/2gzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/2gzu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1utx
類似構造データ	5egg-d 5lpl-d 6ay5-d 2xj3-d 1cx7-d 5emz-1 4rgd-d 2wp2-2 2je0-2 1y6l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6317

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: cytolysin regulator 2

B: cytolysin regulator 2

15.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	lowest total energy
代表モデル	モデル #9	closest to the average

#1: タンパク質	cytolysin regulator 2 / CylR2 分子量: 7724.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: cylR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VL32

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
2	2	2	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM CylR2 U-15N,13C; 50mM HEPES	95% H2O/5% D2O
2	0.3mM CylR2 U-15N; 50mM HEPES	95% H2O/5% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	600mM NaCl	7	ambient	298 K
2	350mM NaCl	7	ambient	298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	2
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2	Guentert	構造決定
XPLOR-NIH	2.9.7	Brunger	精密化
NMRPipe	97.027.12.56	Delaglio	解析
Sparky	3.11	Goddard	データ解析

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: lowest total energy / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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