PDB-2gz4: 1.5 A Crystal Structure of a Protein of Unknown Function ATU1052 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gz4

タイトル

1.5 A Crystal Structure of a Protein of Unknown Function ATU1052 from Agrobacterium tumefaciens

要素

Hypothetical protein Atu1052

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Agrobacterium tumefaciens / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein / :

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.5A crystal structure of a hypothetical protein Atu1052 from Agrobacterium tumefaciens
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gz4.cif.gz	346.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gz4.ent.gz	286.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gz4_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gz4_full_validation.pdf.gz	466 KB	表示
XML形式データ	2gz4_validation.xml.gz	43.2 KB	表示
CIF形式データ	2gz4_validation.cif.gz	66.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/2gz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/2gz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3e1v-d 4rxa-d 2zz5-d 5eo4-1 5eo2-2 2y05-2 4arv-2 2w98-2 4g5s-2 4g5r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6005

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein Atu1052

B: Hypothetical protein Atu1052

C: Hypothetical protein Atu1052

D: Hypothetical protein Atu1052

91.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein Atu1052

C: Hypothetical protein Atu1052

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hypothetical protein Atu1052

D: Hypothetical protein Atu1052

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.987, 108.650, 80.955
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological assembly is dimer.

#1: タンパク質	Hypothetical protein Atu1052 分子量: 22906.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: str. C58 / 遺伝子: GI:17934959 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UGI5, UniProt: Q7D028*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Hypothetical protein Atu1052

分子量: 22906.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: str. C58 / 遺伝子: GI:17934959 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UGI5, UniProt: Q7D028*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M NH4 Formate, 12% PEG3350, 4%MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月19日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→80.85 Å / Num. all: 123031 / Num. obs: 119242 / % possible obs: 96.92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 17.07
反射シェル	解像度: 1.5→1.538 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 71.07

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→24.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.393 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18343	6320	5 %	RANDOM
R_work	0.15212	-	-	-
obs	0.15368	119242	96.92 %	-
all	-	123031	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.355 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.78 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.79 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.04 Å	0.031 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6193	0	0	1229	7422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6332
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.211	1.961	8567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.805	3	13745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.933	5	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.936	21.986	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.059	15	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.575	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7047
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	6348
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	3638
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	925
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.146	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.298	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.146	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.085	1.5	5119
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.269	1.5	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.282	2	6343
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.02	3	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.794	4.5	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.199	3	14771
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	3.409	3	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.303	3	12149

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	351	-
R_work	0.196	6394	-
obs	-	-	71.07 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)