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- PDB-2gz4: 1.5 A Crystal Structure of a Protein of Unknown Function ATU1052 ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2gz4 | ||||||
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Title | 1.5 A Crystal Structure of a Protein of Unknown Function ATU1052 from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
![]() | Hypothetical protein Atu1052 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Agrobacterium tumefaciens / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: 1.5A crystal structure of a hypothetical protein Atu1052 from Agrobacterium tumefaciens Authors: Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 346.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 286.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 456.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 466 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is dimer. |
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Components
#1: Protein | Mass: 22906.484 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.2M NH4 Formate, 12% PEG3350, 4%MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 19, 2005 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→80.85 Å / Num. all: 123031 / Num. obs: 119242 / % possible obs: 96.92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 17.07 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.538 Å / Redundancy: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 71.07 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.355 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→24.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
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