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- PDB-2gyk: Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gyk
タイトルCrystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A)
要素
  • Colicin-E9
  • Colicin-E9 immunity protein
キーワードantibiotic/antibiotic inhibitor / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / 4-HELIX BUNDLE / DNASE DOMAIN / HNH-MOTIF / antibiotic-antibiotic inhibitor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / bacteriocin immunity / toxic substance binding / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 ...Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / His-Me finger superfamily / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Colicin-E9 / Colicin-E9 immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Santi, P.S. / Kolade, O.O. / Kuhlmann, U.C. / Hemmings, A.M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of the complexes of the Colicin E9 DNase domain with mutant immunity proteins
著者: Kuhlmann, U.C. / Santi, P.S. / Kolade, O.O. / Moore, G.R. / James, R. / Kleanthous, C. / Hemmings, A.M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural and mechanistic basis of immunity towards endonuclease colicins
著者: Kleanthous, C. / Kuhlmann, U.C. / Pommer, A.J. / Ferguson, N. / Radford, S.E. / Moore, G.R. / James, R. / Hemmings, A.M.
履歴
登録2006年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colicin-E9 immunity protein
B: Colicin-E9
E: Colicin-E9 immunity protein
F: Colicin-E9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6588
ポリマ－49,3374
非ポリマー3214
水12,358686
1
A: Colicin-E9 immunity protein
B: Colicin-E9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8294
ポリマ－24,6692
非ポリマー1602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
2
E: Colicin-E9 immunity protein
F: Colicin-E9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8294
ポリマ－24,6692
非ポリマー1602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.903, 88.248, 52.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A DIMER OF THE BIOLOGICAL UNIT

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要素

#1: タンパク質 Colicin-E9 immunity protein / ImmE9 / Microcin-E9 immunity protein


分子量: 9548.490 Da / 分子数: 2 / 変異: D51A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: IMM9_ECOLI / プラスミド: pET21D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13479
#2: タンパク質 Colicin-E9


分子量: 15120.021 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: col, cei / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P09883, deoxyribonuclease I
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
Temp details: 277

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月3日
放射モノクロメーター: SILICON(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 51260 / Num. obs: 51260 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Χ2: 1.422 / Net I/σ(I): 34.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.045 / Num. unique all: 4468 / Χ2: 0.593 / % possible all: 84.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMV

1emv


解像度: 1.6→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.39 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 2598 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.187 53245 --
obs0.187 51228 96.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3373 0 12 686 4071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9484721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8065428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.30624.878164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35315646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6861519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022653
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.22372
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1130.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8051.52220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24823484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14931452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3094.51235
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.644 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 160 -
Rwork0.199 2893 -
obs-3053 79.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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