PDB-2gxg: Crystal structure of EmrR homolog from hyperthermophilic archaea ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gxg

タイトル

Crystal structure of EmrR homolog from hyperthermophilic archaea Sulfolobus tokodaii strain7

要素

146aa long hypothetical transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Winged Helix

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Miyazono, K. / Tsujimura, M. / Kawarabayasi, Y. / Tanokura, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of archaeal homolog of multi drug resistance repressor protein, EmrR, from hyperthermophilic archaea Sulfolobus tokodaii strain7
著者: Miyazono, K. / Tsujimura, M. / Kawarabayasi, Y. / Tanokura, M.

履歴

登録	2006年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gxg.cif.gz	43.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gxg.ent.gz	29.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gxg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/2gxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/2gxg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2eb7-1 4ylj-1 6a4m-d 5yni-d 5zrt-d 3gez-1 3zdt-1 3jw9-d 3gfl-1 4pop-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 146aa long hypothetical transcriptional regulator

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 146aa long hypothetical transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.114, 46.114, 140.257
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

The second part of the biological assembly is generated by the the operations: 1-y,1-x,0.5-z

#1: タンパク質	146aa long hypothetical transcriptional regulator / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR PROTEIN 分子量: 16879.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: strain7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96ZY1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 21% PEG 2000 monomethyl ethyl, 0.1M Tris-HCl, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	95	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1.0000, 0.9841, 0.9794, 0.9792

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月29日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9841	1
3	0.9794	1
4	0.9792	1

Reflection

D res high: 2 Å / D res low: 25 Å / % possible obs: 99.7

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs
12.6	1	13.1	136592	0.084	2.34	10799
13.3	2	14.2	144231	0.092	3.38	10813
13.4	3	13.3	144655	0.089	2.74	10822

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.3	25	1203	98.1	1	0.063	3.523	9.7
3.42	4.3	1108	99.2	1	0.069	3.699	10.9
2.99	3.42	1092	99.9	1	0.078	3.27	12
2.71	2.99	1057	100	1	0.092	2.819	12.6
2.52	2.71	1082	100	1	0.103	2.518	13.1
2.37	2.52	1070	100	1	0.115	2.147	13.4
2.25	2.37	1056	100	1	0.128	1.959	13.6
2.15	2.25	1053	100	1	0.138	1.643	13.8
2.07	2.15	1044	100	1	0.16	1.378	13.9
2	2.07	1034	100	1	0.201	1.062	14.1
4.3	25	1205	98.2	2	0.078	7.821	11.3
3.42	4.3	1107	99	2	0.08	6.071	12.2
2.99	3.42	1093	99.9	2	0.088	4.777	13.1
2.71	2.99	1057	100	2	0.098	3.811	13.5
2.52	2.71	1082	100	2	0.105	3.014	13.7
2.37	2.52	1070	100	2	0.118	2.609	13.8
2.25	2.37	1060	100	2	0.126	2.129	13.9
2.15	2.25	1055	100	2	0.135	1.739	14
2.07	2.15	1047	100	2	0.158	1.452	14.1
2	2.07	1037	100	2	0.201	1.124	14.1
4.3	25	1208	98.5	3	0.072	5.906	11.3
3.42	4.3	1111	99.3	3	0.079	4.966	12.2
2.99	3.42	1094	99.9	3	0.087	4.009	13.2
2.71	2.99	1061	100	3	0.094	3.012	13.6
2.52	2.71	1077	100	3	0.101	2.438	13.7
2.37	2.52	1070	100	3	0.114	2.077	13.9
2.25	2.37	1062	100	3	0.123	1.793	13.9
2.15	2.25	1055	100	3	0.135	1.516	14
2.07	2.15	1047	100	3	0.154	1.231	14.1
2	2.07	1037	100	3	0.199	0.962	14.1

反射

解像度: 1.45→20 Å / Num. obs: 27739 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 2.342 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID
1.45-1.5	99	5.5	0.223	2661	0.482	1
1.5-1.56	100	7.6	0.184	2719	0.683	1
1.56-1.63	100	11.2	0.154	2732	0.82	1
1.63-1.72	100	11.8	0.132	2753	1.033	1
1.72-1.83	100	11.8	0.111	2727	1.417	1
1.83-1.97	100	11.7	0.095	2749	2.032	1
1.97-2.17	100	11.4	0.083	2782	2.825	1
2.17-2.48	100	11.1	0.075	2799	3.542	1
2.48-3.12	99.9	11.3	0.072	2857	4.227	1
3.12-20	96.9	10.1	0.063	2960	4.788	1

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.6 / 反射: 10760

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9841	-4.83	-5.48
1	3 wavelength	2	0.9794	5.02	-10.57
1	3 wavelength	3	0.9792	4.71	-7.48

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	28.269	0.71	0.128	0.116	1.164
2	Se	32.312	0.115	0.957	0.038	1.18
3	Se	37.698	0.091	0.849	0.04	0.983
4	Se	31.593	0.521	0.823	0.111	0.54

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
6.99-20	0.72	598
4.48-6.99	0.67	931
3.53-4.48	0.66	1152
3-3.53	0.67	1343
2.65-3	0.64	1478
2.41-2.65	0.6	1625
2.22-2.41	0.55	1763
2.06-2.22	0.46	1870

Phasing dm

FOM : 0.77 / FOM acentric: 0.79 / FOM centric: 0.68 / 反射: 10762 / Reflection acentric: 8492 / Reflection centric: 2270

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.7-19.722	0.92	0.96	0.88	523	276	247
3.6-5.7	0.93	0.96	0.85	1502	1068	434
2.9-3.6	0.88	0.91	0.78	1816	1405	411
2.5-2.9	0.82	0.85	0.65	1806	1461	345
2.1-2.5	0.71	0.75	0.56	3172	2634	538
2-2.1	0.55	0.58	0.4	1943	1648	295

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.1.24	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
ADSC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.45→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 1.237 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	1394	5 %	RANDOM
R_work	0.22252	-	-	-
all	0.22333	-	-	-
obs	0.22333	26266	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.653 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1132	0	0	124	1256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.558	1.993	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.251	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.272	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.971	1.5	694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.692	2	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.696	3	446
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.545	4.5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.299	98
R_work	0.241	1881

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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