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万見
- PDB-2gx2: Crystal structural and functional analysis of GFP-like fluorescen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gx2
タイトルCrystal structural and functional analysis of GFP-like fluorescent protein Dronpa
要素fluorescent protein Dronpa
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / photoswiching / fluorescence protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fluorescent protein Dronpa
類似検索 - 構成要素
生物種Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hwang, K.Y. / Nam, K.-H. / Park, S.-Y. / Sugiyama, K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Structural characterization of the photoswitchable fluorescent protein Dronpa-C62S
著者: Nam, K.-H. / Kwon, O.Y. / Sugiyama, K. / Lee, W.-H. / Kim, Y.K. / Song, H.K. / Kim, E.E. / Park, S.-Y. / Jeon, H. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2006年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fluorescent protein Dronpa
B: fluorescent protein Dronpa
C: fluorescent protein Dronpa
D: fluorescent protein Dronpa
E: fluorescent protein Dronpa
F: fluorescent protein Dronpa
G: fluorescent protein Dronpa
H: fluorescent protein Dronpa
I: fluorescent protein Dronpa
J: fluorescent protein Dronpa
K: fluorescent protein Dronpa
L: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,67474
ポリマ－331,16712
非ポリマー1,50762
水36,6062032
1
A: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7437
ポリマ－27,5971
非ポリマー1466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7929
ポリマ－27,5971
非ポリマー1948
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7929
ポリマ－27,5971
非ポリマー1948
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7678
ポリマ－27,5971
非ポリマー1707
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7678
ポリマ－27,5971
非ポリマー1707
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7196
ポリマ－27,5971
非ポリマー1225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6704
ポリマ－27,5971
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6945
ポリマ－27,5971
非ポリマー974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6945
ポリマ－27,5971
非ポリマー974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6222
ポリマ－27,5971
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7437
ポリマ－27,5971
非ポリマー1466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: fluorescent protein Dronpa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6704
ポリマ－27,5971
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.091, 106.160, 110.070
Angle α, β, γ (deg.)61.17, 70.85, 86.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
fluorescent protein Dronpa / GFP-like fluorescent protein


分子量: 27597.229 Da / 分子数: 12 / 断片: Green fluorescent protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2032 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE DIFFERENCE BETWEEN THE SEQUENCE DATABASE AND THE COORDINATES IS THAT GYS 62 REPRESENTS THE ...THE DIFFERENCE BETWEEN THE SEQUENCE DATABASE AND THE COORDINATES IS THAT GYS 62 REPRESENTS THE CHROMOPHORE (SER-TYR-GLY). IN ADDITION, SER 62 HAS BEEN MUTATED FROM CYS WHICH OCCURS NATURALLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年5月26日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年12月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1150SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 707315 / Num. obs: 236555 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 81.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GX0

2gx0


解像度: 1.8→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 131119.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 11796 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 236384 93.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.0317 Å2 / ksol: 0.347704 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.65 Å22.56 Å2-3.35 Å2
2---3.39 Å2-0.28 Å2
3----2.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20941 0 62 2032 23035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 1755 5.2 %
Rwork0.257 32312 -
obs--81.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1proteinsyg.parproteinsyg.top
X-RAY DIFFRACTION2syg.parsyg.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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