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- PDB-2gw6: NMR structure of the human tRNA endonuclease SEN15 subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gw6
タイトルNMR structure of the human tRNA endonuclease SEN15 subunit
要素tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
キーワードPROTEIN BINDING / SEN15_HUMAN / tRNA Endonuclease / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / nucleolus / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics,simulated annealing,distance geometry
データ登録者Song, J. / Markley, J.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Three-dimensional structure determined for a subunit of human tRNA splicing endonuclease (Sen15) reveals a novel dimeric fold.
著者: Song, J. / Markley, J.L.
履歴
登録2006年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
B: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5722
ポリマ－27,5722
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / tRNA-intron endonuclease Sen15 / HsSen15


分子量: 13785.757 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN15, C1orf19, SEN15 / プラスミド: PVP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q8WW01

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H,15N-HSQC
1211H,13C-HSQC
131HN(CA)CB
1411H,13C-HSQC
151CBCA(CO)NH
161C(CO)NH
171HCCHTOCSY
181HBACONH
19113C-EDITED 1H,1H-NOESY
110115C-EDITED 1H,1H-NOESY
111213C,15N filtered, 13C EDITED 1H,1H-NOESY
1123IPAP 1H,15N-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM BIS-TRIS, 100mM NaCl, 10 mM DTT, 0.5 mM 13C, 15N-LABELED SEN15_HUMAN, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
220 mM BIS-TRIS,100mM NaCl, 10 mM DTT, 0.5 mM 13C, 15N-LABELED SEN15_HUMAN, 0.5 mM UNLABELED SEN15_HUMAN, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
320 mM BIS-TRIS,100mM NaCl, 10 mM DTT, 0.5 mM 15N-LABELED SEN15_HUMAN, 17mg/ml Pf1 phage90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM NaCl / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR1.1collection
XwinNMR2.6collection
NMRPipe97.027.12.56Delagio, F. et al.解析
Sparky3.72Goddard, T.D. and Kneller, D.G.データ解析
CYANA2.1Guntert, P.構造決定
Xplor-NIH2.9.8Schwieters, C.D. et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics,simulated annealing,distance geometry
ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 4516 NOE RESTRAINTS (1704 INTRA, 1038 SEQUENTIAL, 802 MEDIUM, 862 LONG RANGE INTERMOLECULAR AND 110 INTERMOLECULAR), 182 H BOND RESTRAINTS, AND 326 PHI AND ...詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 4516 NOE RESTRAINTS (1704 INTRA, 1038 SEQUENTIAL, 802 MEDIUM, 862 LONG RANGE INTERMOLECULAR AND 110 INTERMOLECULAR), 182 H BOND RESTRAINTS, AND 326 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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