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- PDB-2gvj: Crystal Structure of Human NMPRTase in complex with FK866 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gvj
タイトルCrystal Structure of Human NMPRTase in complex with FK866
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NMPRTase / Visfatin / Pbef / cancer / fk866
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling ...nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / nuclear speck / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DGB / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Khan, J.A. / Tao, X. / Tong, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Molecular basis for the inhibition of human NMPRTase, a novel target for anticancer agents.
著者: Khan, J.A. / Tao, X. / Tong, L.
履歴
登録2006年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年11月9日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2544
ポリマ－111,4712
非ポリマー7832
水13,962775
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10460 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area32460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.780, 105.896, 83.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEGLUGLUAA9 - 419 - 41
21PHEPHEGLUGLUBB9 - 419 - 41
12TYRTYRILEILEAA54 - 48454 - 484
22TYRTYRILEILEBB54 - 48454 - 484

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B cell-enhancing factor / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Visfatin


分子量: 55735.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-DGB / (2E)-N-{4-[1-(benzenecarbonyl)piperidin-4-yl]butyl}-3-(pyridin-3-yl)prop-2-enamide / FK-866 / FK-866


分子量: 391.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 775 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: 26% PEG 3350, 200 mM NaCL, BaCl2 as Additive, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月15日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→82.76 Å / Num. obs: 57137 / % possible obs: 98.25 %
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / % possible all: 98.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→82.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 6.6 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5 / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29831 3024 5 %RANDOM
Rwork0.24747 ---
obs0.25005 57137 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.678 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å20.43 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→82.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7431 0 58 775 8264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2041.95510388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0795925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.3224.87347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.195151330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2651526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025776
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.24086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.25204
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4661.54749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74427474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14733418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7334.52914
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1283medium positional0.410.5
23420medium positional0.340.5
1283medium thermal0.42
23420medium thermal0.362
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 205 -
Rwork0.263 3652 -
obs--85.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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