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- PDB-2guw: Crystal structure of AMP Nucleosidase from Salmonella typhimurium LT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2guw
タイトルCrystal structure of AMP Nucleosidase from Salmonella typhimurium LT2
要素AMP nucleosidase
キーワードHYDROLASE / AMP Nucleosidase / Molecular Replacement / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP nucleosidase / AMP nucleosidase activity / nucleoside metabolic process / AMP salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能
amp nucleosidase, domain 1 / AMP nucleoside phosphorylase, N-terminal domain / AMP nucleosidase / AMP nucleoside phosphorylase, N-terminal / AMP nucleoside phosphorylase, N-terminal domain superfamily / Bacterial AMP nucleoside phosphorylase N-terminus / : / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily ...amp nucleosidase, domain 1 / AMP nucleoside phosphorylase, N-terminal domain / AMP nucleosidase / AMP nucleoside phosphorylase, N-terminal / AMP nucleoside phosphorylase, N-terminal domain superfamily / Bacterial AMP nucleoside phosphorylase N-terminus / : / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Rao, K.N. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of AMP Nucleosidase from Salmonella typhimurium LT2
著者: Rao, K.N. / Swaminathan, S.
履歴
登録2006年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP nucleosidase
B: AMP nucleosidase
C: AMP nucleosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,2033
ポリマ－162,2033
非ポリマー00
水52229
1
A: AMP nucleosidase
B: AMP nucleosidase
C: AMP nucleosidase

A: AMP nucleosidase
B: AMP nucleosidase
C: AMP nucleosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,4076
ポリマ－324,4076
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PQS
2
A: AMP nucleosidase
B: AMP nucleosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1362
ポリマ－108,1362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area34810 Å2
手法PISA
3
C: AMP nucleosidase

C: AMP nucleosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1362
ポリマ－108,1362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area34440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.493, 170.284, 204.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細Trimer in the asymmetric unit but forms an hexamer via crystallographic symmetry

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要素

#1: タンパク質 AMP nucleosidase


分子量: 54067.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZNS0, AMP nucleosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20-30% PEG MME550, 0.05M MgCl2, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月12日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. all: 59111 / Num. obs: 59111 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.64→2.73 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Num. unique all: 5227 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→45.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 149607.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The residues listed in remark 465 are missing due to lack of electron density. For the atoms listed in remark 470 the relevant residues were modeled as Alanines since side chain density was ...詳細: The residues listed in remark 465 are missing due to lack of electron density. For the atoms listed in remark 470 the relevant residues were modeled as Alanines since side chain density was absent. In general, the B factor seems to be high.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1381 2.5 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all0.265 55690 --
obs0.244 55690 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.1105 Å2 / ksol: 0.324631 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.79 Å20 Å20 Å2
2---6.21 Å20 Å2
3----2.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→45.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9386 0 0 29 9415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.92.5
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 181 2.4 %
Rwork0.369 7450 -
obs--77.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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