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万見
- PDB-2gu5: E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 1, di-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gu5
タイトルE. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 1, di-metalated
要素Methionine aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Mono-metalated / mononuclear / Mn(II)-form / enzyme-inhibitor complex / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / ferrous iron binding / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID / Methionine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ye, Q.Z.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis of catalysis by monometalated methionine aminopeptidase.
著者: Ye, Q.Z. / Xie, S.X. / Ma, Z.Q. / Huang, M. / Hanzlik, R.P.
履歴
登録2006年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase
B: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,02710
ポリマ－58,4272
非ポリマー6008
水5,981332
1
A: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5145
ポリマ－29,2141
非ポリマー3004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methionine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5145
ポリマ－29,2141
非ポリマー3004
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.790, 64.606, 76.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase / MAP / Peptidase M


分子量: 29213.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: map / プラスミド: pGEMEX-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AE18, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-NLP / (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID / NORLEUCINE PHOSPHONATE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 167.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO3P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 60478 / Num. obs: 60478 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.693.40.243.12920086580.2497.9
1.69-1.793.50.1594.72913882930.15998.9
1.79-1.913.50.116.72777378400.1199.4
1.91-2.073.60.07310.12616173260.07399.8
2.07-2.263.60.0611.82445467710.06100
2.26-2.533.60.05412.52230961130.054100
2.53-2.923.70.036191996354200.036100
2.92-3.583.70.02427.81705945870.024100
3.58-5.063.70.02130.11332735710.021100
5.06-14.23.70.02518.8696618990.02595.3

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.354 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.705
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å14.19 Å
Translation3 Å14.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XNZ

1xnz


解像度: 1.6→14.194 Å / FOM work R set: 0.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 3052 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.219 60871 --
obs0.219 60462 99.3 %-
溶媒の処理Bsol: 36.335 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 13.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å2-0.279 Å2
2---1.146 Å20 Å2
3----0.354 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→14.194 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4062 0 26 332 4420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.295
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9742
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.872.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.6-1.610.436620.42110811143
1.61-1.620.375590.39811231182
1.62-1.630.4520.35911241176
1.63-1.650.358650.34811421207
1.65-1.660.339550.31311271182
1.66-1.670.288570.28711581215
1.67-1.680.334640.30410941158
1.68-1.70.319580.28511751233
1.7-1.710.277550.25911151170
1.71-1.720.308560.23611491205
1.72-1.740.293670.24211391206
1.74-1.750.212660.20711201186
1.75-1.770.225700.21211541224
1.77-1.790.239730.21311301203
1.79-1.80.247640.21211121176
1.8-1.820.214620.19711431205
1.82-1.840.218610.19611571218
1.84-1.860.263600.20411531213
1.86-1.880.248700.19911111181
1.88-1.90.244540.19611931247
1.9-1.920.223650.20111121177
1.92-1.940.221740.1911411215
1.94-1.960.209560.20711561212
1.96-1.990.28730.22411461219
1.99-2.020.219610.20311281189
2.02-2.040.2640.20811591223
2.04-2.070.25500.22311711221
2.07-2.10.259500.22511511201
2.1-2.140.243640.22311601224
2.14-2.170.245730.21311511224
2.17-2.210.226530.21311611214
2.21-2.250.23510.21311671218
2.25-2.290.238520.20711601212
2.29-2.340.188620.18711511213
2.34-2.390.222670.20611701237
2.39-2.440.239640.211221186
2.44-2.510.227770.19911581235
2.51-2.570.228650.21411561221
2.57-2.650.221710.21111541225
2.65-2.730.295720.22311261198
2.73-2.830.234690.21711571226
2.83-2.940.245620.22111801242
2.94-3.080.214590.22111361195
3.08-3.240.277570.21911811238
3.24-3.440.191460.21611651211
3.44-3.710.177490.18411931242
3.71-4.080.198500.16611951245
4.08-4.660.193700.15911411211
4.66-5.850.158510.17312071258
5.85-200.207450.19311551200
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein_1.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5nlp_xplor_par.paramnlp_xplor_top.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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