PDB-2gu2: Crystal Structure of an Aspartoacylase from Rattus norvegicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gu2

タイトル

Crystal Structure of an Aspartoacylase from Rattus norvegicus

要素

Aspa protein

キーワード

HYDROLASE / Aspartoacylase family / Aminoacylase-2 / ACY-2 / ACY2_RAT / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

Aspartate and asparagine metabolism / aspartoacylase / aspartoacylase activity / acetate metabolic process / aspartate metabolic process / central nervous system myelination / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.805 Å

データ登録者

Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structure of aspartoacylase, the brain enzyme impaired in Canavan disease.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / McCoy, J.G. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2006年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gu2.cif.gz	148.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gu2.ent.gz	118.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gu2_validation.pdf.gz	451 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gu2_full_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示
XML形式データ	2gu2_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	2gu2_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2gu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2gu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i3cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nfr-d 2q4z-d 3nfz-1 4mxu-d 2o4h-d 2i3c-d 4mri-d 3nh5-1 3nh8-1 3nh4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.59616

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspa protein

B: Aspa protein

ヘテロ分子

71.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Aspa protein

B: Aspa protein

ヘテロ分子

A: Aspa protein

B: Aspa protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.581, 135.778, 54.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-744- HOH
2	1	A-755- HOH
3	1	B-776- HOH

詳細

The biological unit is likely a dimer with one biological unit in the asymmetric unit (chains A & B)

#1: タンパク質	Aspa protein 分子量: 35472.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: BC078813, UNIPROT-Q9R1T5 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9R1T5, aspartoacylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 MES PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (1.9 M Ammonium sulfate, 0.10 M ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 MES PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (1.9 M Ammonium sulfate, 0.10 M HEPPS PH 8.5). Crystal cryo-protected with well solution supplemented with a final concentration of 30% Ethylene glycol, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 MES PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (1.9 M Ammonium sulfate, 0.10 M ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97928, 0.95373

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月19日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97928	1
2	0.95373	1

反射

解像度: 1.8→80 Å / Num. obs: 58208 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.097 / Net I/σ(I): 9.949

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.8-1.84	4.2	0.47	2.167	3424	0.766	86.6
1.84-1.89	4.9	0.44		3701	0.784	93.9
1.89-1.94	5.9	0.38		3885	0.824	97
1.94-2	6.7	0.342		3910	0.856	97.7
2-2.06	7.3	0.293		3865	0.949	97.9
2.06-2.13	7.6	0.23		3882	0.976	98.1
2.13-2.22	7.6	0.191		3911	1.083	98.3
2.22-2.32	7.6	0.167		3908	1.168	98.5
2.32-2.44	7.6	0.142		3938	1.205	98.7
2.44-2.6	7.6	0.124		3909	1.222	98.8
2.6-2.8	7.6	0.102		3940	1.271	98.9
2.8-3.08	7.7	0.087		3944	1.295	99.2
3.08-3.52	7.6	0.07		3964	1.262	99.3
3.52-4.44	7.6	0.057		4001	1.133	99.6
4.44-80	7.5	0.06		4026	1.208	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set

最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 40.5 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	0	0	24757	617
ISO_2	0.635	0.702	1.985	1.482	24741	617
ANO_1	0.616	0	1.899	0	24734	0
ANO_2	0.793	0	0.76	0	24734	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	10.39-40.5	0	0	0	0	286	36
ISO_1	7.47-10.39	0	0	0	0	509	33
ISO_1	6.14-7.47	0	0	0	0	658	28
ISO_1	5.33-6.14	0	0	0	0	785	33
ISO_1	4.77-5.33	0	0	0	0	890	35
ISO_1	4.36-4.77	0	0	0	0	978	28
ISO_1	4.04-4.36	0	0	0	0	1049	32
ISO_1	3.78-4.04	0	0	0	0	1145	30
ISO_1	3.57-3.78	0	0	0	0	1191	29
ISO_1	3.39-3.57	0	0	0	0	1288	29
ISO_1	3.23-3.39	0	0	0	0	1353	34
ISO_1	3.09-3.23	0	0	0	0	1408	30
ISO_1	2.97-3.09	0	0	0	0	1454	33
ISO_1	2.87-2.97	0	0	0	0	1535	26
ISO_1	2.77-2.87	0	0	0	0	1596	28
ISO_1	2.68-2.77	0	0	0	0	1627	33
ISO_1	2.6-2.68	0	0	0	0	1666	27
ISO_1	2.53-2.6	0	0	0	0	1730	32
ISO_1	2.46-2.53	0	0	0	0	1766	25
ISO_1	2.4-2.46	0	0	0	0	1843	36
ANO_1	10.39-40.5	0.511	0	2.115	0	284	0
ANO_1	7.47-10.39	0.551	0	2.143	0	507	0
ANO_1	6.14-7.47	0.532	0	2.388	0	658	0
ANO_1	5.33-6.14	0.546	0	2.253	0	784	0
ANO_1	4.77-5.33	0.597	0	2.063	0	887	0
ANO_1	4.36-4.77	0.649	0	1.836	0	978	0
ANO_1	4.04-4.36	0.616	0	1.925	0	1049	0
ANO_1	3.78-4.04	0.621	0	1.981	0	1145	0
ANO_1	3.57-3.78	0.648	0	1.909	0	1190	0
ANO_1	3.39-3.57	0.606	0	2.01	0	1287	0
ANO_1	3.23-3.39	0.596	0	2.092	0	1352	0
ANO_1	3.09-3.23	0.608	0	2.018	0	1408	0
ANO_1	2.97-3.09	0.584	0	1.996	0	1454	0
ANO_1	2.87-2.97	0.603	0	1.959	0	1532	0
ANO_1	2.77-2.87	0.614	0	1.848	0	1595	0
ANO_1	2.68-2.77	0.613	0	1.818	0	1626	0
ANO_1	2.6-2.68	0.659	0	1.642	0	1666	0
ANO_1	2.53-2.6	0.683	0	1.56	0	1729	0
ANO_1	2.46-2.53	0.704	0	1.413	0	1763	0
ANO_1	2.4-2.46	0.733	0	1.304	0	1840	0
ISO_2	10.39-40.5	0.524	0.703	2.459	1.499	286	36
ISO_2	7.47-10.39	0.561	0.759	2.397	1.712	509	33
ISO_2	6.14-7.47	0.54	0.536	2.623	2.041	658	28
ISO_2	5.33-6.14	0.585	0.641	2.516	1.982	785	33
ISO_2	4.77-5.33	0.624	0.644	2.217	1.826	890	35
ISO_2	4.36-4.77	0.665	0.652	2.01	1.615	978	28
ISO_2	4.04-4.36	0.646	0.565	1.968	1.655	1049	32
ISO_2	3.78-4.04	0.628	0.68	1.932	1.642	1145	30
ISO_2	3.57-3.78	0.636	0.814	1.94	1.29	1191	29
ISO_2	3.39-3.57	0.619	0.7	1.969	1.329	1288	29
ISO_2	3.23-3.39	0.626	1.058	1.979	1.269	1353	34
ISO_2	3.09-3.23	0.645	0.649	1.985	1.481	1408	30
ISO_2	2.97-3.09	0.653	0.806	1.974	1.064	1454	33
ISO_2	2.87-2.97	0.644	0.796	1.978	1.234	1535	26
ISO_2	2.77-2.87	0.648	0.717	1.892	0.946	1596	28
ISO_2	2.68-2.77	0.672	0.799	1.854	1.303	1627	33
ISO_2	2.6-2.68	0.665	0.744	1.766	1.109	1666	27
ISO_2	2.53-2.6	0.666	0.594	1.658	1.324	1730	32
ISO_2	2.46-2.53	0.68	1.036	1.537	1.065	1766	25
ISO_2	2.4-2.46	0.705	0.794	1.456	0.927	1827	36
ANO_2	10.39-40.5	0.688	0	0.87	0	285	0
ANO_2	7.47-10.39	0.71	0	0.898	0	507	0
ANO_2	6.14-7.47	0.671	0	1.096	0	658	0
ANO_2	5.33-6.14	0.702	0	0.974	0	784	0
ANO_2	4.77-5.33	0.718	0	0.946	0	889	0
ANO_2	4.36-4.77	0.755	0	0.849	0	978	0
ANO_2	4.04-4.36	0.754	0	0.866	0	1049	0
ANO_2	3.78-4.04	0.77	0	0.866	0	1145	0
ANO_2	3.57-3.78	0.783	0	0.859	0	1191	0
ANO_2	3.39-3.57	0.756	0	0.862	0	1288	0
ANO_2	3.23-3.39	0.775	0	0.828	0	1353	0
ANO_2	3.09-3.23	0.789	0	0.806	0	1408	0
ANO_2	2.97-3.09	0.792	0	0.744	0	1454	0
ANO_2	2.87-2.97	0.808	0	0.733	0	1535	0
ANO_2	2.77-2.87	0.824	0	0.671	0	1595	0
ANO_2	2.68-2.77	0.837	0	0.632	0	1627	0
ANO_2	2.6-2.68	0.862	0	0.607	0	1665	0
ANO_2	2.53-2.6	0.883	0	0.559	0	1730	0
ANO_2	2.46-2.53	0.898	0	0.489	0	1766	0
ANO_2	2.4-2.46	0.911	0	0.462	0	1827	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	12.205	-5.838	24.003	SE	17.54	1.02
2	31.291	30.925	0.296	SE	21.32	0.95
3	6.617	-2.082	24.053	SE	20.1	0.98
4	10.164	7.074	19.77	SE	16.37	0.89
5	28.08	44.048	3.554	SE	19	0.84
6	2.484	-1.231	20.616	SE	40.61	1.11
7	30.066	39.387	17.015	SE	29.18	0.91
8	38.617	39.97	3.465	SE	21.3	0.83
9	46.346	-30.534	2.189	SE	29.58	0.96
10	76.85	-1.494	17.262	SE	29.96	0.68

Phasing dm

FOM : 0.57 / FOM acentric: 0.57 / FOM centric: 0.61 / 反射: 58207 / Reflection acentric: 57196 / Reflection centric: 1011

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.2-41.752	0.96	0.96	0.94	2603	2465	138
3.2-5.2	0.94	0.95	0.86	7955	7744	211
2.6-3.2	0.85	0.85	0.76	9902	9721	181
2.3-2.6	0.65	0.65	0.55	9981	9821	160
1.9-2.3	0.38	0.38	0.31	17631	17404	227
1.8-1.9	0.15	0.15	0.15	10135	10041	94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
SHELXE		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.805→41.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.194 / WR_factor R_work: 0.15 / SU B: 4.361 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	2955	5.077 %	Random
R_work	0.1494	-	-	-
all	0.152	-	-	-
obs	-	58208	97.248 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.762 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.168 Å²	0 Å²	0.118 Å²
2-	-	0.098 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.219 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.805→41.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4862	0	27	552	5441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.616	1.97	6910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.845	5	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.806	24.335	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.561	15	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.525	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	3498
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.21	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.868	2	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.992	4	5071
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.098	6	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.024	8	1831

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.805-1.852	0.268	193	0.208	3523	0.211	4414	84.187
1.852-1.903	0.25	195	0.187	3857	0.19	4297	94.298
1.903-1.958	0.215	188	0.159	3882	0.162	4186	97.229
1.958-2.018	0.222	202	0.148	3766	0.152	4061	97.71
2.018-2.084	0.172	192	0.142	3675	0.143	3944	98.048
2.084-2.157	0.181	176	0.137	3591	0.139	3841	98.073
2.157-2.239	0.168	195	0.138	3396	0.14	3652	98.33
2.239-2.33	0.2	192	0.141	3286	0.145	3531	98.499
2.33-2.434	0.205	157	0.145	3192	0.147	3395	98.645
2.434-2.552	0.21	151	0.155	3064	0.158	3255	98.771
2.552-2.69	0.206	178	0.149	2871	0.153	3083	98.897
2.69-2.853	0.2	155	0.15	2760	0.153	2944	99.015
2.853-3.05	0.185	133	0.155	2598	0.157	2753	99.201
3.05-3.294	0.214	131	0.147	2409	0.15	2560	99.219
3.294-3.607	0.166	128	0.139	2221	0.141	2361	99.492
3.607-4.032	0.194	108	0.132	2016	0.134	2134	99.531
4.032-4.653	0.154	97	0.131	1793	0.132	1896	99.684
4.653-5.694	0.165	78	0.149	1499	0.15	1581	99.747
5.694-8.029	0.229	66	0.19	1189	0.192	1257	99.841
8.029-75.378	0.229	40	0.186	665	0.188	710	99.296

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.886	-0.0988	-0.2049	0.8435	0.3375	0.6662	-0.0439	0.0717	-0.0577	-0.1519	0.082	-0.0151	-0.1135	-0.0156	-0.0381	-0.021	-0.0348	0.0098	-0.029	-0.0263	-0.0439	21.134	41.232	-1.392
2	1.4881	-0.4331	0.2684	0.2323	0.2156	0.8607	-0.017	0.0488	-0.1797	-0.0228	0.0203	0.0458	-0.0147	-0.1688	-0.0033	-0.0525	-0.023	0.0022	-0.0197	-0.0068	0.0113	6.629	33.834	2.071
3	0.2746	-0.0128	0.0224	0.5764	0.3368	0.6623	-0.0348	-0.0014	-0.099	0.0278	0.0315	-0.0485	0.0133	0.0531	0.0032	-0.0627	-0.0097	0.0145	-0.0411	-0.0207	0.004	29.23	35.375	13.316
4	0.644	0.2691	0.0018	1.4311	0.8344	0.7766	-0.01	0.0189	0.0258	0.1478	-0.0947	0.2469	0.0438	-0.1542	0.1047	-0.0158	0.0077	0.0207	-0.0336	-0.0196	-0.0317	14.94	65.144	30.743
5	0.9473	0.3292	-0.8866	3.9268	1.9349	3.3703	0.0173	0.1672	0.1069	-0.2799	-0.321	0.8938	-0.4172	-0.782	0.3036	-0.0664	0.1285	-0.1043	0.105	-0.0672	0.1805	3.055	73.051	22.113
6	0.2999	0.1287	-0.1455	0.7773	0.4837	0.6607	-0.0462	0.0468	0.0533	-0.0408	0.0456	0.0236	-0.0957	-0.01	0.0005	-0.013	-0.0008	-0.0236	-0.0482	0.0029	-0.0491	28.507	70.573	20.465

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	4 - 70	4 - 70
2	2	A	A	71 - 105	71 - 105
3	3	A	A	106 - 310	106 - 310
4	4	B	B	4 - 70	4 - 70
5	5	B	B	71 - 105	71 - 105
6	6	B	B	106 - 310	106 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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