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- PDB-2gtm: Mutated Mouse P38 MAP Kinase Domain in complex with Inhibitor PG-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gtm
タイトルMutated Mouse P38 MAP Kinase Domain in complex with Inhibitor PG-892579
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / MAP KINASE P38 / P38
機能・相同性
機能・相同性情報


p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence ...p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / p38MAPK cascade / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / JUN kinase activity / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / Neutrophil degranulation / placenta development / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import / stem cell differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / cell morphogenesis / bone development / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / osteoblast differentiation / peptidyl-serine phosphorylation / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / protein phosphatase binding / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LID / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Walter, R.L. / Mekel, M.J. / Evdokimov, A.G. / Pokross, M.E. / Sabat, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: The development of novel C-2, C-8, and N-9 trisubstituted purines as inhibitors of TNF-alpha production.
著者: Sabat, M. / Vanrens, J.C. / Clark, M.P. / Brugel, T.A. / Maier, J. / Bookland, R.G. / Laufersweiler, M.J. / Laughlin, S.K. / Golebiowski, A. / De, B. / Hsieh, L.C. / Walter, R.L. / Mekel, M.J. / Janusz, M.J.
履歴
登録2006年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3012
ポリマ－39,9011
非ポリマー4011
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.876, 73.627, 76.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / CRK1


分子量: 39900.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-LID / 8-(2-CHLOROPHENYLAMINO)-2-(2,6-DIFLUOROPHENYLAMINO)-9-ETHYL-9H-PURINE-1,7-DIIUM / 3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE


分子量: 400.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15ClF2N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18%(W/V) PEG 1500, 0.1M MES (pH 6.5), streak seed, 1-3 days to maximum size, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 10.2 / 数: 133433 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.92 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27976 / % possible obs: 97
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.095099.410.0291.279
3.254.0910010.0321.043
2.843.2510010.0480.86
2.582.8410010.0750.895
2.392.5899.910.1170.926
2.252.3999.910.1520.889
2.142.2599.810.1950.85
2.052.1498.210.2630.839
1.972.0590.410.330.808
1.91.9781.610.4470.813
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 29034 / Num. obs: 27929 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.970.44723040.81381.6
1.97-2.050.3325690.80890.4
2.05-2.140.26327810.83998.2
2.14-2.250.19528590.8599.8
2.25-2.390.15228270.88999.9
2.39-2.580.11728760.92699.9
2.58-2.840.07528640.895100
2.84-3.250.04828980.86100
3.25-4.090.03229311.043100
4.09-500.02930671.27999.4

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.482 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.509 / Cor.coef. Io to Ic: 0.204
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å52.705 Å
Translation3 Å52.705 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In house

解像度: 1.9→40.8 Å / 交差検証法: R-free / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.261 1323 5% random
Rwork0.212 --
all0.231 29034 -
obs0.214 27323 -
原子変位パラメータBiso mean: 39.005 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2756 0 28 170 2954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.978
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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