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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gte | ||||||
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タイトル | Drosophila OBP LUSH bound to attractant pheromone 11-cis-vaccenyl acetate | ||||||
要素 | General odorant-binding protein lush | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / pheromone binding protein / odorant binding protein / pheromone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diphenyl phthalate binding / dibutyl phthalate binding / courtship behavior / response to pheromone / olfactory behavior / pheromone binding / odorant binding / sensory perception of smell / response to ethanol / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Laughlin, J.D. / Ha, T. / Smith, D.P. / Jones, D.N.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008 タイトル: Activation of pheromone-sensitive neurons is mediated by conformational activation of pheromone-binding protein 著者: Laughlin, J.D. / Ha, T.S. / Jones, D.N. / Smith, D.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gte.cif.gz | 75.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gte.ent.gz | 56.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gte.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gte_validation.pdf.gz | 951 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gte_full_validation.pdf.gz | 951.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gte_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gte_validation.cif.gz | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gte | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14215.508 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 30-153 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: lush / プラスミド: pET13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O02372 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1:1 protein/well sol. (4ul total) over 0.5 mL well, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.127 Å |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.127 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→41.2 Å / Num. obs: 55876 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.68 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 5.33 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Apo-LUSH 解像度: 1.4→41.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.969 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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