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万見
- PDB-2gsx: Complement Receptor Type 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gsx
タイトルComplement Receptor Type 2
要素Complement receptor type 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement / SCR domain / CCP domain / Sushi domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, classical pathway / complement receptor activity / complement binding / T cell mediated immunity / complement activation, alternative pathway / immunoglobulin receptor binding / type I interferon-mediated signaling pathway / B cell activation / B cell proliferation / complement activation, classical pathway ...negative regulation of complement activation, classical pathway / complement receptor activity / complement binding / T cell mediated immunity / complement activation, alternative pathway / immunoglobulin receptor binding / type I interferon-mediated signaling pathway / B cell activation / B cell proliferation / complement activation, classical pathway / B cell differentiation / Regulation of Complement cascade / transmembrane signaling receptor activity / virus receptor activity / receptor complex / immune response / symbiont entry into host cell / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱 / シンクロトロン
データ登録者Gilbert, H.E. / Asokan, R. / Holers, V.M. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The 15 SCR Flexible Extracellular Domains of Human Complement Receptor Type 2 can Mediate Multiple Ligand and Antigen Interactions.
著者: Gilbert, H.E. / Asokan, R. / Holers, V.M. / Perkins, S.J.
履歴
登録2006年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement receptor type 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,3241
ポリマ－104,3241
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
モデル数3

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要素

#1: タンパク質 Complement receptor type 2 / Cr2 / Complement C3d receptor / Epstein-Barr virus receptor / EBV receptor / CD21 antigen / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 104323.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CR2, C3DR / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20023

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
22881
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID211
SPALLATION SOURCEISIS INSTRUMENT LOQ22.0, 10.0
検出器
タイプID検出器
CCD1CCD
3-He ORDELA2AREA DETECTOR
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2TIME OF FLIGHTLAUELneutron1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
221
3101
Soln scatter

Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Mean guiner radius: 11.5 nm / Min mean cross sectional radii gyration: 1.8 nm / Min mean cross sectional radii gyration esd: 0.1 nm / Num. of time frames: 1 / Protein length: 1 / Source class: Y / 温度: 288 K

タイプIDBuffer nameConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMean guiner radius esd (nm)Sample pHSource beamlineSource type
x-ray19.6 MM NA, K PHOSPHATE 137 MM NACL 2.7 MM KCL 0.5 MM EDTA0.9-1.9MULTICCDFRELON CCD CAMERA0.97.5IDO2ESRF GRENOBLE
neutron29.6 MM NA, K PHOSPHATE 137 MM NACL 2.7 MM KCL 0.5 MM EDTA 99.9% D2O1.2-1.9COLETTEHE-3 ORDELA DETECTOR0.57.4LOQISIS RUTHERFORD

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
COLETTE(ISIS)データ削減
SCTPL7モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIII 98モデル構築
COLETTE(ISIS)データスケーリング
SCTPLV. 7位相決定
GNOM位相決定
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 0 0 951
Soln scatter model詳細: THE ENTRY CONTAINS CA ATOMS ONLY.MODEL 1 REPRESENTS A LONGER MODEL FOR CR2 THAT BEST FITS THE RG VALUE. MODEL 2 REPRESENTS A MORE COMPACT MODEL FOR CR2 THAT BEST FITS THE SCATTERING DATA AT ...詳細: THE ENTRY CONTAINS CA ATOMS ONLY.MODEL 1 REPRESENTS A LONGER MODEL FOR CR2 THAT BEST FITS THE RG VALUE. MODEL 2 REPRESENTS A MORE COMPACT MODEL FOR CR2 THAT BEST FITS THE SCATTERING DATA AT LARGE ANGLE. MODEL 3 REPRESENTS AN INTERMEDIATE MODEL THAT GIVES THE OVERALL BEST FIT TO THE SCATTERING DATA AND IS THE FINAL MODEL. SEE THE PRIMARY REFERENCE.
Num. of conformers submitted: 3 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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