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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gsl | ||||||
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タイトル | X-Ray Crystal Structure of Protein FN1578 from Fusobacterium nucleatum. Northeast Structural Genomics Consortium Target NR1. | ||||||
![]() | Hypothetical protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-helical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Forouhar, F. / Su, M. / Jayaraman, S. / Conover, K. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Hypothetical Protein (FN1578) from Fusobacterium nucleatum, NESG Target NR1 著者: Forouhar, F. / Su, M. / Jayaraman, S. / Conover, K. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 503 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16261.394 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Fusobacterium nucleatum / 株: ATCC 25586 / 遺伝子: FN1578 / プラスミド: pETXL-10 Gold / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 7 詳細: 100mM HEPES, 100mM Mg(NO3)2, 20% PEG8K, 5 mM DTT, Microbatch under oil, pH 7, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月13日 / 詳細: Mirrors. |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→29.45 Å / Num. all: 60679 / Num. obs: 60619 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.31 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6068 / Rsym value: 0.509 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.2765 Å2 / ksol: 0.328052 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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