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万見
- PDB-2gr9: Crystal structure of P5CR complexed with NADH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gr9
タイトルCrystal structure of P5CR complexed with NADH
要素Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / crystal strucutre / Human Pyrroline-5-carboxylate Reductase / nadh
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / : / Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / : / Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Meng, Z. / Lou, Z. / Liu, Z. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of human pyrroline-5-carboxylate reductase
著者: Meng, Z. / Lou, Z. / Liu, Z. / Li, M. / Zhao, X. / Bartlam, M. / Rao, Z.
履歴
登録2006年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年11月6日Group: Non-polymer description
改定 1.42020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,80115
ポリマ－145,7385
非ポリマー4,06310
水11,584643
1
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9603
ポリマ－29,1481
非ポリマー8132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9603
ポリマ－29,1481
非ポリマー8132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9603
ポリマ－29,1481
非ポリマー8132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9603
ポリマ－29,1481
非ポリマー8132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9603
ポリマ－29,1481
非ポリマー8132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9206
ポリマ－58,2952
非ポリマー1,6254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
7
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9206
ポリマ－58,2952
非ポリマー1,6254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10880 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA
8
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9206
ポリマ－58,2952
非ポリマー1,6254
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10690 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.182, 122.642, 120.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Pyrroline-5-carboxylate reductase 1 / P5CR 1 / P5C reductase 1


分子量: 29147.648 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物
ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8-1M sodium acetate, 30-40mM imidazole (pH 6.5), 50-60mM Tris-HCl (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月17日
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 159528 / Num. obs: 158126 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GER

2ger


解像度: 3.1→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.278 3031 random
Rwork0.241 --
all0.246 63370 -
obs0.243 59968 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10169 0 265 643 11077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.939
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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