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万見
- PDB-2gpm: Crystal structure of an RNA racemate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gpm
タイトルCrystal structure of an RNA racemate
要素
  • RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')
  • RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')
キーワードRNA / DOUBLE HELIX / RACEMATE
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Rypniewski, W. / Vallazza, M. / Perbandt, M. / Klussmann, S. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: The first crystal structure of an RNA racemate.
著者: Rypniewski, W. / Vallazza, M. / Perbandt, M. / Klussmann, S. / Delucas, L.J. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.
履歴
登録2006年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年3月28日Group: Other
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')
L: RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')
M: RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')
N: RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,47110
ポリマ－10,2304
非ポリマー2406
水5,062281
1
K: RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')
L: RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1553
ポリマ－5,1152
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')
N: RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3167
ポリマ－5,1152
非ポリマー2005
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.338, 38.076, 45.401
Angle α, β, γ (deg.)113.75, 99.71, 93.92
Int Tables number2
Space group name H-MP-1
モデル数2
詳細The biologicaly relevant (although not biological) RNA fragment is the duplex formed by chains M+N, K+L and X+Y

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')


分子量: 2597.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is a 'Spiegelmer' and occurs in 5S RNA FROM THERMUS FLAVUS
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')


分子量: 2517.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is a 'Spiegelmer' and occurs in 5S RNA FROM THERMUS FLAVUS
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7% PEG 400, 0.1 M CACL2, 50MM HEPES, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2CaCl211
3HEPES11
4H2O11
5PEG 40012
6CaCl212
7H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8019 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月11日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8019 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. all: 29605 / Num. obs: 29605 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1415 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ENTRY AR0012

解像度: 1.4→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: throughour / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 592 -random
all0.241 29605 --
obs0.241 29605 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 676 6 281 963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.055
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr4.671

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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