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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gpl | ||||||
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タイトル | TMC-95 based biphenyl-ether macrocycles: specific proteasome inhibitors | ||||||
![]() | (Proteasome component ...) x 14 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Proteasomal subunit fold represents an antiparallel beta-sheet flanked by helices / Ntn-Hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Groll, M. / Goetz, M. / Kaiser, M. / Weyher, E. / Moroder, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: TMC-95-Based Inhibitor Design Provides Evidence for the Catalytic Versatility of the Proteasome. 著者: Groll, M. / Goetz, M. / Kaiser, M. / Weyher, E. / Moroder, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1009.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 238.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 322.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the whole content of the asymmetric unit cell. |
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要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRS4, PRE8 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRS5, PRE9 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE6 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PUP2, DOA5 / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE5 / 発現宿主: ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRS1, PRC1, PRE10 / 発現宿主: ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRS2, PRC2, SCL1 / 発現宿主: ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PUP1 / 発現宿主: ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PUP3 / 発現宿主: ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE1 / 発現宿主: ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE2, DOA3, PRG1 / 発現宿主: ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRS3, PRE7, PTS1 / 発現宿主: ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE4 / 発現宿主: ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PRE3 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 1072分子 ![](data/chem/img/BIQ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: 化合物 | #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 20mM MgAc2; 0.1M MES, 12% MPD; crystals appeared within 7 days; crystal size 0.2 x 0.2 x 0.6 mm3, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→15 Å / Num. all: 255964 / Num. obs: 252489 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 41.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 2.81→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.331 / % possible all: 85.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: yeast 20S proteasome (1RYP) 解像度: 2.81→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3454667.77 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.0575 Å2 / ksol: 0.32717 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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