PDB-2gpf: Solution NMR Structure of Protein PA22412 from Pseudomonas aerugi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gpf

タイトル

Solution NMR Structure of Protein PA22412 from Pseudomonas aeruginosa. Northeast Structural Genomics Consortium Target PaT86, Ontario Centre for Structural Proteomics Target PA2412.

要素

conserved hypothetical protein PA2412

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / BETA/ALPHA protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

pyoverdine biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing

データ登録者

Lemak, A. / Lukin, J.A. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of PA2412 protein determined using ABACUS protocol
著者: Lemak, A. / Lukin, J.A. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2006年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gpf.cif.gz	455.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gpf.ent.gz	382.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gpf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gpf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2cr3-d 1z2q-d 2dix-d 2m0a-d 2yuq-d 6tdd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: PaT86

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein PA2412

8.45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein PA2412 分子量: 8454.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA2412 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3(gold) / 参照: GenBank: 9948456, UniProt: Q9I169*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	J MODULATED HSQC for RDC

-
試料調製

詳細	内容: 0.6mM pa2412, U-15N,13C, 450 mM NaCl, 10 mM MOPS, 1 mM Benzamidine, 10 mM DTT, 10 mM ZnSO4, 0.01% NAN3, 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 450 mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.3	Delaglio, F.	解析
Sparky	3.1	Goddard, T.D.	データ解析
CNS	1.1	Brunger, A.T.	構造決定
CNS	1.1	Brunger, A.T.	精密化

精密化

手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1483 NOE-derived distances constraints, 78 dihedral angle restraints, 40 RDC restraints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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