PDB-2gp8: NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE COAT PROTEIN-BINDING DOMAIN OF BACT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gp8

タイトル

NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE COAT PROTEIN-BINDING DOMAIN OF BACTERIOPHAGE P22 SCAFFOLDING PROTEIN

要素

PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN)

キーワード

VIRAL PROTEIN / SCAFFOLDING PROTEIN / COAT PROTEIN-BINDING DOMAIN / HELIX-LOOP-HELIX MOTIF

機能・相同性

Virus Scaffolding Protein; Chain A / Virus Scaffolding Protein; Chain A / Bacteriophage P22, Gp8, scaffold / Bacteriophage, scaffolding protein / Virus scaffolding protein, C-terminal / Few Secondary Structures / Irregular / Scaffolding protein

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage P22 (ファージ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING

Model type details

minimized average

データ登録者

Sun, Y. / Parker, M.H. / Weigele, P. / Casjens, S. / Prevelige Jr., P.E. / Krishna, N.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of the coat protein-binding domain of the scaffolding protein from a double-stranded DNA virus.
著者: Sun, Y. / Parker, M.H. / Weigele, P. / Casjens, S. / Prevelige Jr., P.E. / Krishna, N.R.

履歴

登録	1999年5月11日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gp8.cif.gz	22.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gp8.ent.gz	14.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gp8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6atu-13 2n9z-d 1apq-d 1iva-d 1jrf-d 1kj6-d 2mj4-d 2mn3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN)

4.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 100	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル		minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN) 分子量: 4329.034 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL FUNCTIONAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ) 属: P22-like viruses / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NF1829 / 参照: UniProt: P26748

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	COSY
1	4	1	15N EDITED 3D NOESY-HSQC
1	5	1	TOCSYHMQC

NMR実験の詳細

Text: AVERAGE STRUCTURE. EXPERIMENTS WERE DONE ON THE C-TERMINAL 67-RESIDUE (238-303 PLUS ALANINE AT THE N-TERNINUS) SCAFFOLDING PROTEIN.

-
試料調製

詳細	内容: 10% WATER/90% D2O, 99.9% D2O
試料状態	pH: 4.4 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AM600	Bruker	AM600	600	1
Varian AVANCE600	Varian	AVANCE600	600	2
Varian INOVA600	Varian	INOVA600	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT ON THE C-TERMINAL 40-RESIDUE SEGMENT.

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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