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万見
- PDB-2gp6: X-ray crystal structure of Mycobacterium tuberculosis beta-ketoac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gp6
タイトルX-ray crystal structure of Mycobacterium tuberculosis beta-ketoacyl acyl carrier protein synthase II (mtKasB)
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
キーワードTRANSFERASE / thiolase fold / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase II / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / response to hypoxia / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sridharan, S. / Sacchettini, J. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: X-Ray Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis beta-Ketoacyl Acyl Carrier Protein Synthase II (mtKasB).
著者: Sridharan, S. / Wang, L. / Brown, A.K. / Dover, L.G. / Kremer, L. / Besra, G.S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2006年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3022
ポリマ－92,3022
非ポリマー00
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.682, 198.682, 71.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-532-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2


分子量: 46151.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: kasB / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P63456, UniProt: P9WQD7*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 100 mM CAPS pH 10.5, 20% PEG 8000, 100-150 mM NaCl, FOS-choline, Spermine-HCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 41266 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Num. unique obs: 3696 / Χ2: 0.877

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 980 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Refined using twinned data set. Twin operator is h,-h-k,-l. Twin fraction is 0.41
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1911 4.6 %random
Rwork0.177 ---
all-37785 --
obs-37785 91.4 %-
溶媒の処理Bsol: 48.271 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 55.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.135 Å2-1.842 Å20 Å2
2--4.135 Å20 Å2
3----8.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6192 0 0 229 6421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.182
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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