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万見
- PDB-2gmf: HUMAN GRANULOCYTE MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gmf
タイトルHUMAN GRANULOCYTE MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR
要素GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR / GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY STIMULATING GROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / histamine secretion / neutrophil differentiation / response to silicon dioxide / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / response to fluid shear stress / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / histamine secretion / neutrophil differentiation / response to silicon dioxide / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / response to fluid shear stress / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / myeloid cell differentiation / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of podosome assembly / Interleukin-10 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / monocyte differentiation / macrophage differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / embryonic placenta development / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / growth factor activity / RAF/MAP kinase cascade / cellular response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / positive regulation of cell migration / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rozwarski, D. / Diederichs, K. / Hecht, R. / Boone, T. / Karplus, P.A.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Refined crystal structure and mutagenesis of human granulocyte-macrophage colony-stimulating factor.
著者: Rozwarski, D.A. / Diederichs, K. / Hecht, R. / Boone, T. / Karplus, P.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Novel Fold and Putative Receptor Binding Site of Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor
著者: Diederichs, K. / Boone, T. / Karplus, P.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Low-Resolution Structure of Recombinant Human Granulocyte-Macrophage Colony Stimulating Factor
著者: Diederichs, K. / Jacques, S. / Boone, T. / Karplus, P.A.
履歴
登録1996年4月24日処理サイト: BNL
置き換え1996年11月8日ID: 1GMF
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR
B: GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9852
ポリマ－28,9852
非ポリマー00
水1,65792
1
A: GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4921
ポリマ－14,4921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4921
ポリマ－14,4921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.520, 59.060, 126.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 GRANULOCYTE-MACROPHAGE COLONY-STIMULATING FACTOR


分子量: 14492.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04141
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6.5 / PH range high: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
22 mMpotassium phosphate1drop
321 %(w/v)PEG80001reservoir
40.2 Msodium citrate/phosphate1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 0
詳細: PRO A 124 IS VERY MOBILE. THE PEPTIDE BOND PRECEDING IT IS NOT RELIABLY REFINED. PRO A 124 IS VERY MOBILE. THE PEPTIDE BOND PRECEDING IT IS NOT RELIABLY REFINED.
Rfactor反射数
Rwork0.235 -
obs0.235 19868
原子変位パラメータBiso mean: 40 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 0 92 2029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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