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- PDB-2gk2: Crystal structure of the N terminal domain of human CEACAM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gk2
タイトルCrystal structure of the N terminal domain of human CEACAM1
要素Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
キーワードCELL ADHESION / immunoglobulin domain / adhesion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / negative regulation of hepatocyte proliferation / filamin binding / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / regulation of blood vessel remodeling ...regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / negative regulation of hepatocyte proliferation / filamin binding / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / regulation of blood vessel remodeling / regulation of sprouting angiogenesis / negative regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / insulin catabolic process / Fibronectin matrix formation / common myeloid progenitor cell proliferation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / negative regulation of platelet aggregation / bile acid transmembrane transporter activity / negative regulation of vascular permeability / regulation of immune system process / wound healing, spreading of cells / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / transport vesicle membrane / bile acid and bile salt transport / microvillus membrane / blood vessel development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / lateral plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / specific granule membrane / negative regulation of protein kinase activity / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / regulation of cell migration / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / adherens junction / regulation of cell growth / kinase binding / cellular response to insulin stimulus / cell-cell junction / cell junction / cell migration / actin binding / angiogenesis / protein phosphatase binding / calmodulin binding / protein dimerization activity / cell adhesion / apical plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Cell adhesion molecule CEACAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fedarovich, A. / Tomberg, J. / Nicholas, R.A. / Davies, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of the N-terminal domain of human CEACAM1: binding target of the opacity proteins during invasion of Neisseria meningitidis and N. gonorrhoeae.
著者: Fedarovich, A. / Tomberg, J. / Nicholas, R.A. / Davies, C.
履歴
登録2006年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7377
ポリマ－24,3432
非ポリマー3945
水1,35175
1
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4144
ポリマ－12,1711
非ポリマー2433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3223
ポリマ－12,1711
非ポリマー1512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子

A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子

A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子

B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子

B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子

B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,21021
ポリマ－73,0296
非ポリマー1,18115
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation4_654-x+1,-y,z-1/21
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-1/21
crystal symmetry operation6_544x-y,x-1,z-1/21
Buried area9820 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area27000 Å2
手法PISA
4
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子

A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子

A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,21021
ポリマ－73,0296
非ポリマー1,18115
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area28660 Å2
手法PISA
5
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子

B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7377
ポリマ－24,3432
非ポリマー3945
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-1/21
Buried area2060 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.2, 86.2, 62.0
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-200-

NI

-
要素

#1: タンパク質 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / Biliary glycoprotein 1 / BGP-1 / CD66 antigen / CD66a antigen


分子量: 12171.431 Da / 分子数: 2 / 断片: N terminal domain (residues 63-170) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM1 / プラスミド: pGEX-2V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P13688
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% (w/v) polyethylene glycol mono methyl ether 2000, 100 mM Tris, and 5 mM nickel chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 13366 / Num. obs: 13366 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 38.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1290 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L6Z

1l6z


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 11.806 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 657 4.9 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.213 13361 --
obs0.213 13361 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.03 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1709 0 20 75 1804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5371.9492399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2875218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.65125.7389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.62315273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.258156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.21227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4741.51098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86221753
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4933738
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.44.5646
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.53 54 -
Rwork0.404 901 -
obs-955 96.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1387-0.18681.60462.126-0.3123.3745-0.0883-0.17460.15120.02480.00170.2593-0.0049-0.1780.0866-0.1638-0.00260.0019-0.1683-0.0836-0.141429.9373-14.5867-1.2784
24.0122-0.9284-0.88364.15082.55334.55790.05170.1898-0.2899-0.1717-0.06090.02590.04060.12310.0091-0.08830.0133-0.0307-0.1112-0.1263-0.061632.49474.372710.1942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-1 - 1073 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2BB-3 - 1071 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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