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- PDB-2gjw: RNA Recognition and Cleavage by an Splicing Endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gjw
タイトルRNA Recognition and Cleavage by an Splicing Endonuclease
要素
  • 5'-R(*AP*GP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*(DU)P*AP*GP*CP*UP*GP*CP*A)-3'
  • 5'-R(*UP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*AP*(A23))-3'
  • tRNA-splicing endonuclease
キーワードHydrolase/RNA / Bulge-Helix-Bulge RNA-protein complex / Splicing Endonuclease Af / Hydrolase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron lyase / tRNA-intron lyase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / nucleic acid binding / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #150 / tRNA-splicing endonuclease, archaeal long subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily ...Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #150 / tRNA-splicing endonuclease, archaeal long subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA-splicing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Xue, S. / Calvin, K. / Li, H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: RNA Recognition and Cleavage by an Splicing Endonuclease
著者: Xue, S. / Calvin, K. / Li, H.
履歴
登録2006年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42025年5月14日Group: Data collection / Other / Structure summary
カテゴリ: cell / diffrn ...cell / diffrn / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_entry_details
Item: _cell.angle_beta / _cell.length_a ..._cell.angle_beta / _cell.length_a / _cell.length_b / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
Remark 999SEQUENCE AUTHOR STATES THAT THIS IS A HOMOLOGOUS MUTATION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: 5'-R(*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*(DU)P*AP*GP*CP*UP*GP*CP*A)-3'
F: 5'-R(*UP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*AP*(A23))-3'
H: 5'-R(*AP*GP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
I: 5'-R(*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*(DU)P*AP*GP*CP*UP*GP*CP*A)-3'
J: 5'-R(*UP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*AP*(A23))-3'
L: 5'-R(*AP*GP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
A: tRNA-splicing endonuclease
B: tRNA-splicing endonuclease
C: tRNA-splicing endonuclease
D: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,84010
ポリマ－172,84010
非ポリマー00
水00
1
E: 5'-R(*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*(DU)P*AP*GP*CP*UP*GP*CP*A)-3'
F: 5'-R(*UP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*AP*(A23))-3'
H: 5'-R(*AP*GP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
A: tRNA-splicing endonuclease
B: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4205
ポリマ－86,4205
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: 5'-R(*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*(DU)P*AP*GP*CP*UP*GP*CP*A)-3'
J: 5'-R(*UP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*AP*(A23))-3'
L: 5'-R(*AP*GP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
C: tRNA-splicing endonuclease
D: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4205
ポリマ－86,4205
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.073, 140.357, 82.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22C
13E
23I
14F
24J
15H
25L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEVALVALAG5 - 30810 - 313
21ILEILEVALVALDJ5 - 30810 - 313
12GLYGLYVALVALBH6 - 30712 - 313
22GLYGLYVALVALCI6 - 30712 - 313
13GGCCEA3 - 201 - 18
23GGCCID3 - 201 - 18
14UUA23A23FB3 - 141 - 12
24UUA23A23JE3 - 141 - 12
15AAGGHC15 - 201 - 6
25AAGGLF15 - 201 - 6

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*AP*CP*CP*AP*(DU)P*AP*GP*CP*UP*GP*CP*A)-3'


分子量: 6059.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*GP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*AP*(A23))-3'


分子量: 3913.325 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 5'-R(*AP*GP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 2236.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: タンパク質
tRNA-splicing endonuclease / tRNA-intron endonuclease


分子量: 37105.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: endA / プラスミド: pET13b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29362, EC: 3.1.27.9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, PH 6.5, 303K, 0.12M AMMONIUM ACETATE, 35mM MAGNESIUM ACETATE, 50mM SODIUM CACODYLATE,10% ISOPROPANOL
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1AMMONIUM ACETATE11
2MAGNESIUM ACETATE11
3SODIUM CACODYLATE11
4ISOPROPANOL11
5H2O11
6AMMONIUM ACETATE12
7MAGNESIUM ACETATE12
8SODIUM CACODYLATE12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→35.09 Å / Num. all: 45000 / Num. obs: 40048 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / Rsym value: 0.11
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Rsym value: 0.608 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→35.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 15.807 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.552 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29646 1689 5 %RANDOM
Rwork0.24736 ---
obs0.24986 32074 83.94 %-
all-40048 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å2-0.72 Å2
2--2.49 Å20 Å2
3----2.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→35.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10186 1592 0 0 11778
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02212148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8312.14816684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3551219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96922.904551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.939151991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.58815116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.25772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.28142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.310.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3361.56067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.46529788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09436079
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.984.56888
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A25290.05
2B25170.05
3E3790.04
4F2580.24
5H1280.19
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 144 -
Rwork0.312 2361 -
obs--77.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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