PDB-2gjs: The crystal structure of human RRAD in complex with GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gjs

タイトル

The crystal structure of human RRAD in complex with GDP

要素

GTP-binding protein RAD

キーワード

SIGNALING PROTEIN / RRAD / GDP/GTP binding / GTP hydrolysis / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

NGF-stimulated transcription / small GTPase-mediated signal transduction / calcium channel regulator activity / calmodulin binding / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Turnbull, A.P. / Yang, X. / Soundararajan, M. / Schoch, G. / Debreczeni, J. / Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Berridge, G. / Pantic, N. / Burgess, N. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human RRAD in complex with GDP
著者: Turnbull, A.P. / Yang, X. / Soundararajan, M. / Schoch, G. / Debreczeni, J. / Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Berridge, G. / Pantic, N. / Burgess, N. / Smee, C.E.A. / Bray, J. / von Delft, F. / ...

履歴

登録	2006年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gjs.cif.gz	73.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gjs.ent.gz	54.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gjs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gjs_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gjs_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2gjs_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	2gjs_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gjs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wbf-d 6l6b-d 6l6d-d 2vbv-1 6l6a-d 3llo-d 5eus-d 2vbt-d 6frh-2 6w6z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTP-binding protein RAD

B: GTP-binding protein RAD

ヘテロ分子

39.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GTP-binding protein RAD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GTP-binding protein RAD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.427, 58.560, 53.603
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GTP-binding protein RAD / RAS associated with diabetes / RAD1 分子量: 19312.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAD / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 / 参照: UniProt: P55042
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15M sodium malate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月24日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 24816 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 %
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: swissmodel (first approach mode)

解像度: 1.9→39.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 6.493 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23538	1266	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19512	-	-	-
all	0.19726	23536	-	-
obs	0.19726	23536	99.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.238 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	-0.61 Å²
2-	-	1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2184	0	58	80	2322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.991	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.948	3	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.442	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.476	22.292	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.697	15	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.429	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.324	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.329	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.55	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.01	1.5	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.235	1.5	600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.535	2	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.28	3	966
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.466	4.5	840
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	97	-
R_work	0.226	1604	-
obs	-	-	94.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5949	-0.2852	1.2507	1.6641	-0.7024	4.4193	-0.1706	0.0128	0.5299	0.1414	-0.1066	-0.3213	-0.4423	0.4459	0.2772	0.2273	-0.0151	-0.0446	0.0308	0.0154	0.1819	51.7146	35.9884	20.9079
2	2.3257	0.1746	0.7502	2.9081	-0.9441	5.4739	-0.0572	0.3051	0.0843	-0.3074	-0.0755	-0.2209	0.1382	0.4499	0.1327	0.0192	0.0477	0.0221	-0.1332	0.0052	-0.1045	49.5696	28.2385	13.2821
3	6.1784	-0.125	2.3274	2.4122	-0.2341	5.2283	0.0568	-0.1363	0.2098	-0.0615	0.0588	0.5728	-0.0939	-1.3975	-0.1156	0.0388	0.0084	-0.0246	0.3235	0.0205	0.0791	28.3462	28.3324	-14.7163
4	3.2351	-0.7631	-0.5758	2.9672	-0.7086	5.898	-0.1741	-0.1992	0.0458	0.3207	0.1512	0.1905	0.2482	-0.7122	0.0229	0.0145	-0.0542	0.0201	-0.0181	-0.0287	-0.1015	36.6705	24.2177	-7.3988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	91 - 174	7 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	175 - 258	91 - 174
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	91 - 172	7 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	173 - 256	89 - 172

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