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万見
- PDB-2ghj: Crystal structure of folded and partially unfolded forms of Aquif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ghj
タイトルCrystal structure of folded and partially unfolded forms of Aquifex aeolicus ribosomal protein L20
要素50S ribosomal protein L20
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / folding intermediate / ribosomal protein extension
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L20, C-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1450 / c-terminal domain of poly(a) binding protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL20
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Timsit, Y. / Allemand, F. / Chiaruttini, C. / Springer, M.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2006
タイトル: Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20
著者: Timsit, Y. / Allemand, F. / Chiaruttini, C. / Springer, M.
履歴
登録2006年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L20
B: 50S ribosomal protein L20
D: 50S ribosomal protein L20
E: 50S ribosomal protein L20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,29010
ポリマ－56,7134
非ポリマー5766
水90150
1
A: 50S ribosomal protein L20
D: 50S ribosomal protein L20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7416
ポリマ－28,3572
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area13700 Å2
手法PISA
2
B: 50S ribosomal protein L20
E: 50S ribosomal protein L20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5494
ポリマ－28,3572
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10730 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area22240 Å2
手法PISA
4
B: 50S ribosomal protein L20
D: 50S ribosomal protein L20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6455
ポリマ－28,3572
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
5
A: 50S ribosomal protein L20
E: 50S ribosomal protein L20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6455
ポリマ－28,3572
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.914, 45.217, 67.060
Angle α, β, γ (deg.)104.06, 106.20, 97.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The asymetric unit consists of 2 dimers related by the same non crystallographic axis. One dimer (A,D) is formed by two folded monomers One dimer (B,E) is formed by two partially unfolded monomers

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要素

#1: タンパク質
50S ribosomal protein L20


分子量: 14178.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: dimer A,D is formed by folded, dimer B,E by unfolded monomers
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: rplT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67086
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM Tris pH 7; 200 mM ammonium sulfate; 25 % PEG monomethyl ether, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97961 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Sagittaly bent Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→30 Å / Num. all: 26849 / Num. obs: 21490 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 10.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1884 18.4 %random
Rwork0.22 ---
all0.22 10246 --
obs0.22 10246 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.745 Å2-2.643 Å2-11.009 Å2
2--1.677 Å2-10.359 Å2
3----2.422 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3238 0 30 50 3318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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