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万見
- PDB-2ghb: Thermotoga maritima maltotriose binding protein, ligand free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ghb
タイトルThermotoga maritima maltotriose binding protein, ligand free form
要素maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / maltotriose binding protein / MBP / periplasmic binding protein / Thermotoga maritima
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / proteasome core complex, alpha-subunit complex / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Changela, A. / Hocker, B. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: T. maritima maltotriose binding protein open form
著者: Cuneo, M.J. / Changela, A. / Hocker, B. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W.
履歴
登録2006年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein
B: maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein
C: maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,6613
ポリマ－126,6613
非ポリマー00
水7,764431
1
A: maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2201
ポリマ－42,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2201
ポリマ－42,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2201
ポリマ－42,2201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.040, 106.230, 186.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein


分子量: 42220.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: tm1204 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Rosetta gami / 参照: GenBank: 4981756, UniProt: Q9X0T1*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Magnesium Chloride Hexahydrate, 0.1M pH5.5 Bis-Tris, 25% PEG 2000, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.19 Å / Num. all: 84588 / Num. obs: 84588 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 19.05
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / % possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 4.57 / Num. measured obs: 47207 / Num. unique all: 10923 / Num. unique obs: 10237 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→43.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 5.319 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 4230 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.214 84589 --
obs0.214 84588 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å20 Å20 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8676 0 0 431 9107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.97512131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79319119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82751132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38925.758396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.345151515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7061524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1680.28074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.24435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24898
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2530.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0770.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1091.57267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1531.52276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24129003
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83733982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6384.53119
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 310 -
Rwork0.264 5888 -
obs-6198 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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