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- PDB-2gh6: Crystal structure of a HDAC-like protein with 9,9,9-trifluoro-8-o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gh6
タイトルCrystal structure of a HDAC-like protein with 9,9,9-trifluoro-8-oxo-N-phenylnonan amide bound
要素Histone deacetylase-like amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / Histone deacetylase / zinc-ion / trifluoromethyl ketone
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9,9,9-TRIFLUORO-8-OXO-N-PHENYLNONANAMIDE / : / Histone deacetylase-like amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenaceae bacterium FB188 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Nielsen, T.K. / Hildmann, C. / Riester, D. / Wegener, D. / Schwienhorst, A. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Complex structure of a bacterial class 2 histone deacetylase homologue with a trifluoromethylketone inhibitor.
著者: Nielsen, T.K. / Hildmann, C. / Riester, D. / Wegener, D. / Schwienhorst, A. / Ficner, R.
履歴
登録2006年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase-like amidohydrolase
B: Histone deacetylase-like amidohydrolase
C: Histone deacetylase-like amidohydrolase
D: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,47820
ポリマ－157,6984
非ポリマー1,78016
水14,106783
1
A: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8705
ポリマ－39,4251
非ポリマー4454
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8705
ポリマ－39,4251
非ポリマー4454
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8705
ポリマ－39,4251
非ポリマー4454
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Histone deacetylase-like amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8705
ポリマ－39,4251
非ポリマー4454
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16050 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area41820 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.507, 94.897, 123.301
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 368 / Label seq-ID: 2 - 368

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細Protein is a monomer

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要素

#1: タンパク質
Histone deacetylase-like amidohydrolase / E.C.3.5.1.- / HDAC-like amidohydrolase / HDAH


分子量: 39424.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenaceae bacterium FB188 (バクテリア)
株: DSM 11172
解説: source organism synonym Bordetella sp. (strain FB188)
遺伝子: hdaH, hdaH1 / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q70I53, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-CF3 / 9,9,9-TRIFLUORO-8-OXO-N-PHENYLNONANAMIDE / SATFMK


分子量: 301.304 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18F3NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 783 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: NaCl, Na-cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.203→39.84 Å / Num. all: 76561 / Num. obs: 76561
反射 シェル解像度: 2.203→2.26 Å / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZZ1

1zz1


解像度: 2.203→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.015 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21419 3863 5 %RANDOM
Rwork0.15797 ---
all0.16082 ---
obs0.16082 72678 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.203→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10988 0 96 783 11867
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02111364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.95315508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.56451464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.49323.252492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.534151632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.061580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.25745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.27633
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2420.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.10.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6511.57264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.184211580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22534144
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4914.53928
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1468medium positional0.220.5
2B1468medium positional0.130.5
3C1468medium positional0.140.5
4D1468medium positional0.150.5
1A1280loose positional0.565
2B1280loose positional0.325
3C1280loose positional0.315
4D1280loose positional0.365
1A1468medium thermal1.152
2B1468medium thermal1.552
3C1468medium thermal0.862
4D1468medium thermal1.712
1A1280loose thermal2.1610
2B1280loose thermal2.4810
3C1280loose thermal1.6210
4D1280loose thermal2.6810
LS精密化 シェル解像度: 2.203→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 266 -
Rwork0.205 4737 -
obs--88.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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