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万見
- PDB-2gfy: Structure of E. coli FabF(K335A) mutant with covalently linked do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gfy
タイトルStructure of E. coli FabF(K335A) mutant with covalently linked dodecanoic acid
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / FabF / KASII / ketoacyl synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to cold / fatty acid biosynthetic process / protein homodimerization activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ラウリン酸 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Soisson, S.M. / Parthasarathy, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Platensimycin is a selective FabF inhibitor with potent antibiotic properties.
著者: Wang, J. / Soisson, S.M. / Young, K. / Shoop, W. / Kodali, S. / Galgoci, A. / Painter, R. / Parthasarathy, G. / Tang, Y.S. / Cummings, R. / Ha, S. / Dorso, K. / Motyl, M. / Jayasuriya, H. / ...著者: Wang, J. / Soisson, S.M. / Young, K. / Shoop, W. / Kodali, S. / Galgoci, A. / Painter, R. / Parthasarathy, G. / Tang, Y.S. / Cummings, R. / Ha, S. / Dorso, K. / Motyl, M. / Jayasuriya, H. / Ondeyka, J. / Herath, K. / Zhang, C. / Hernandez, L. / Allocco, J. / Basilio, A. / Tormo, J.R. / Genilloud, O. / Vicente, F. / Pelaez, F. / Colwell, L. / Lee, S.H. / Michael, B. / Felcetto, T. / Gill, C. / Silver, L.L. / Hermes, J.D. / Bartizal, K. / Barrett, J. / Schmatz, D. / Becker, J.W. / Cully, D. / Singh, S.B.
履歴
登録2006年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7802
ポリマ－44,5791
非ポリマー2001
水1,36976
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5594
ポリマ－89,1582
非ポリマー4012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area6950 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.730, 74.730, 148.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological unit is a dimer. The second molecule of the dimer can be generated by the crystallographic symmetry operation

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / E.C.2.3.1.41 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / Beta-ketoacyl-ACP synthase II / KAS II / FabF


分子量: 44579.199 Da / 分子数: 1 / 変異: K335A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fabF, fabJ / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AAI5, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 19-24% PEG 8000, 0.1M Tris, 10mM BME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→64.6 Å / Num. all: 11514 / Num. obs: 11514 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 83.277 Å2 / Rsym value: 0.09
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / Rsym value: 0.423 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
BUSTER-TNT1.3.1精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→64.55 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 553 4.8 %RANDOM
Rwork0.1656 ---
obs0.1691 11514 98.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.26769959 Å20 Å20 Å2
2---10.26769959 Å20 Å2
3---20.53539918 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3598 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→64.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3001 0 13 76 3090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01130652
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.37241262
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d24.5425890
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.013692
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0164635
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.839305820
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.079955
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.02 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2838 86 4.92 %
Rwork0.2114 1661 -
all21.5 1747 -
obs--98.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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