PDB-2gfr: Solution structure of Amphibian tachykinin Uperolein bound to DPC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gfr

タイトル

Solution structure of Amphibian tachykinin Uperolein bound to DPC micelles

要素

Uperolein

キーワード

NEUROPEPTIDE / Helix / 3-10 Helix / Lipid induced Conformation / DPC micelles

機能・相同性

Tachykinin domain / Tachykinin family / Tachykinin/Neurokinin-like, conserved site / Tachykinin family signature. / tachykinin receptor signaling pathway / neuropeptide signaling pathway / defense response / extracellular region / Uperolein

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / Distance geometry, simulated aneealing (DYANA)

データ登録者

Dike, A. / Cowsik, S.M.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2006
タイトル: Solution structure of amphibian tachykinin Uperolein bound to DPC micelles.
著者: Dike, A. / Cowsik, S.M.

履歴

登録	2006年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.name
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gfr.cif.gz	59.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gfr.ent.gz	40 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1gna-d 1soc-d 6hvc-d 2iha-d 1p9f-d 6bes-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uperolein

1.24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Uperolein 分子量: 1235.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Chemical Synthesis. The sequence is naturally found in Uperoleia rugosa (Wrinkled toadlet). 参照: UniProt: P08612
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: 4.8 mM Uperolein in water (90%H2O, 10%D2O, pH 4.5) / 溶媒系: 233mM perdeuterated DPC
試料状態	イオン強度: No salts used / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 305 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	Guntert, P., Mumenthaler, C., Wuthrich, K	構造決定
XwinNMR	3.1	BRUKER	解析
DYANA	1.5	Guntert, P., Mumenthaler, C., Wuthrich, K	精密化

精密化

手法: Distance geometry, simulated aneealing (DYANA) / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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