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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gfk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the zinc-beta-lactamase l1 from stenotrophomonas maltophilia (inhibitor 2) | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase L1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / METALLO / ZN / LACTAMASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nauton, L. / Garau, G. / Kahn, R. / Dideberg, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the design of inhibitors for the L1 metallo-beta-lactamase from Stenotrophomonas maltophilia. 著者: Nauton, L. / Kahn, R. / Garau, G. / Hernandez, J.F. / Dideberg, O. #1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004 タイトル: Update of the standard numbering scheme for class B beta-lactamases 著者: Garau, G. / Garcia-Saez, I. / Bebrone, C. / Anne, C. / Mercuri, P. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O. #2: ![]() タイトル: The 3-D structure of a zinc metallo-beta-lactamase from Bacillus cereus reveals a new type of protein fold 著者: Carfi, A. / Pares, S. / Duee, E. / Galleni, M. / Duez, C. / Frere, J.M. / Dideberg, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28740.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: IID 1275 / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: L1 / プラスミド: PET26 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 454分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/VII.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/VII.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THIS COORDINATES ARE USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE ...THIS COORDINATE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M Hepes pH 7.75, 1.5% V/V Peg 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→19.51 Å / Num. obs: 48803 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SML 解像度: 1.9→19.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.85 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.901→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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