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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gey | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of AclR a putative hydroxylase from Streptomyces galilaeus | ||||||
要素 | AclR protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / alpha+beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces galilaeus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Beinker, P. / Lohkamp, B. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Crystal structures of SnoaL2 and AclR: two putative hydroxylases in the biosynthesis of aromatic polyketide antibiotics 著者: Beinker, P. / Lohkamp, B. / Peltonen, T. / Niemi, J. / Mantsala, P. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gey.cif.gz | 143.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gey.ent.gz | 112.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gey_validation.pdf.gz | 483.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gey_full_validation.pdf.gz | 490.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gey_validation.xml.gz | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gey_validation.cif.gz | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2gey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/2gey | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17953.768 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces galilaeus (バクテリア) 株: ATCC31133 / 遺伝子: aclr / プラスミド: pET30b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1XDX7 #2: 化合物 | ChemComp-PG4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0202 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0202 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→70.2 Å / Num. all: 82990 / Num. obs: 79308 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 88.2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2GEX 解像度: 1.8→43.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.797 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.409 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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