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万見
- PDB-2geu: Pantothenate kinase from Mycobacterium tuberculosis (MtPanK) in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2geu
タイトルPantothenate kinase from Mycobacterium tuberculosis (MtPanK) in complex with a coenzyme A derivative, Form-II (RT)
要素Pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / HOMODIMER / COA BIOSYNTHESIS / NUCLEOTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pantothenate kinase / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-COK / Pantothenate kinase / Pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Das, S. / Kumar, P. / Bhor, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Invariance and variability in bacterial PanK: a study based on the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis PanK.
著者: Das, S. / Kumar, P. / Bhor, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2005
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of pantothenate kinase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Das, S. / Kumar, P. / Bhor, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2006年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6252
ポリマ－35,7811
非ポリマー8441
水1,54986
1
A: Pantothenate kinase
ヘテロ分子

A: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2494
ポリマ－71,5622
非ポリマー1,6872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area6950 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area26150 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)107.634, 107.634, 89.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The following symmetry operation will generate the second subunit of the homodimeric MtPanK molecule: Symmetry:-X, -X+Y, -Z+1/3; TransSymm: 765

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要素

#1: タンパク質 Pantothenate kinase / PANK / Pantothenic acid kinase


分子量: 35780.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: coaA(Rv1092c) / プラスミド: PET-28a(+) (NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P63810, UniProt: P9WPA7*PLUS, pantothenate kinase
#2: 化合物 ChemComp-COK / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (3R)-3-HYDROXY-4-{[3-({2-[(2-HYDROXYETHYL)DITHIO]ETHYL}AMINO)-3-OXOPROPYL]AMINO}-2,2-DIMETHYL-4-OXOBUTYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE / S-(THIOETHYLHYDROXY)COENZYME A


分子量: 843.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H40N7O17P3S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10-15%(w/v) PEG8000, 0.05M NaCl, 0.05-0.1M NaOAc in 0.1 M Na-Cacodylate buffer of pH 6.5, 0.001M Beta-mercaptoethanol was present in the protein buffer, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月16日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→19.57 Å / Num. obs: 13523 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 72.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1340 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
MAR345345DTBデータ収集
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1ESM

1esm


解像度: 2.9→19.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1379977.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 685 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 13506 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.5541 Å2 / ksol: 0.270023 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.25 Å214.65 Å20 Å2
2--8.25 Å20 Å2
3----16.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2448 0 52 86 2586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 75 5.6 %
Rwork0.317 1266 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep+cme.paramprotein+cme.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4DRGCNS_COA_2ME.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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