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- PDB-2ge5: EcoRV Restriction Endonuclease C-terminal deletion mutant/GATATC/Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ge5
タイトルEcoRV Restriction Endonuclease C-terminal deletion mutant/GATATC/Ca2+
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*T)-3'
  • Type II restriction enzyme EcoRV
キーワードHYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRV / Restriction endonuclease, type II, EcoRV, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRV / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme EcoRV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hiller, D.A. / Perona, J.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Positively Charged C-Terminal Subdomains of EcoRV Endonuclease: Contributions to DNA Binding, Bending, and Cleavage.
著者: Hiller, D.A. / Perona, J.J.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: The crystal structure of EcoRV endonuclease and of its complexes with cognate and non-cognate DNA fragments
著者: Winkler, F.K. / Banner, D.W. / Oefner, C. / Tsernoglou, D. / Brown, R.S. / Heathman, S.P. / Bryan, R.K. / Martin, P.D. / Petratos, K. / Wilson, K.S.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystallographic snapshots along a protein-induced DNA-bending pathway
著者: Horton, N.C. / Perona, J.J.
履歴
登録2006年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*T)-3'
A: Type II restriction enzyme EcoRV
B: Type II restriction enzyme EcoRV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4305
ポリマ－57,3904
非ポリマー401
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.101, 67.101, 259.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*T)-3'


分子量: 3356.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Type II restriction enzyme EcoRV / E.C.3.1.21.4 / Endonuclease EcoRV / R.EcoRV


分子量: 25338.566 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ecoRVR / プラスミド: pBSRV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): mm294
参照: UniProt: P04390, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 250 mM NaCl, 8-12% PEG 4k, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl11
2PEG 4k11
3H2O11
4NaCl12
5PEG 4k12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.97976
検出器日付: 2005年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.677 Å / Num. obs: 16007 / % possible obs: 65.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRsym value% possible all
2.4-2.5320.73.10.4671.621636940.46745.1
2.53-2.6831.54.50.3582.1463610240.358
2.68-2.8745.15.40.2413.1740013670.241
2.87-3.164.55.80.1614.61069418400.161
3.1-3.39956.50.1056.51659325340.105
3.39-3.7999.36.70.0881622824160.08
3.79-4.38996.60.0599.71398921350.059
4.38-5.3797.56.20.04911.71134118200.049
5.37-7.5994.26.50.04912910613990.049
7.59-46.6887.85.80.04214.645507780.042

-
位相決定

Phasing MRMethod rotation: fast direct

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1EOP

1eop


解像度: 2.4→50 Å / FOM work R set: 0.798 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 2692 6.1 %Random
Rwork0.223 ---
obs-15998 64.1 %-
溶媒の処理Bsol: 38.025 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 49.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.231 Å20 Å20 Å2
2---9.231 Å20 Å2
3---18.462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3475 446 1 45 3967
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.4-2.420.34870.341102109
2.42-2.430.365100.319115125
2.43-2.450.58980.304128136
2.45-2.470.288180.35141159
2.47-2.490.396170.339148165
2.49-2.50.467140.335167181
2.5-2.520.442280.296161189
2.52-2.540.206100.238213223
2.54-2.560.471240.275207231
2.56-2.590.402230.306200223
2.59-2.610.356280.288229257
2.61-2.630.272300.208242272
2.63-2.650.307310.252257288
2.65-2.680.366250.287273298
2.68-2.70.382440.291270314
2.7-2.730.298230.237322345
2.73-2.760.186150.245334349
2.76-2.780.444340.258325359
2.78-2.810.307380.278372410
2.81-2.850.344470.266367414
2.85-2.880.311450.238371416
2.88-2.910.245390.261427466
2.91-2.950.325590.232429488
2.95-2.980.3720.233481553
2.98-3.020.354480.239515563
3.02-3.070.3500.238584634
3.07-3.110.324510.264648699
3.11-3.160.298730.222667740
3.16-3.20.27730.251725798
3.2-3.260.351950.217807902
3.26-3.310.27820.221760842
3.31-3.370.31900.235819909
3.37-3.440.296860.225770856
3.44-3.510.284910.216798889
3.51-3.580.329740.209786860
3.58-3.670.269830.24800883
3.67-3.760.313820.237798880
3.76-3.860.29650.214808873
3.86-3.980.235790.196823902
3.98-4.10.209830.161750833
4.1-4.250.252900.215801891
4.25-4.420.248950.183781876
4.42-4.620.197780.181783861
4.62-4.860.257890.212783872
4.86-5.170.271810.226781862
5.17-5.570.208580.211697755
5.57-6.130.395820.24769851
6.13-7.010.38840.259773857
7.01-8.830.334680.242792860
8.83-500.254730.239652725
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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