PDB-2gdi: Crystal structure of thiamine pyrophosphate-specific riboswitch i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gdi

タイトル

Crystal structure of thiamine pyrophosphate-specific riboswitch in complex with thiamine pyrophosphate

要素

TPP riboswitch

キーワード

RNA / riboswitch / thiamine pyrophosphate

機能・相同性

: / THIAMINE DIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Serganov, A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structural basis for gene regulation by a thiamine pyrophosphate-sensing riboswitch.
著者: Serganov, A. / Polonskaia, A. / Phan, A.T. / Breaker, R.R. / Patel, D.J.

履歴

登録	2006年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gdi.cif.gz	111.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gdi.ent.gz	82.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/2gdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/2gdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4nya-1 4nyd-d 2hol-d 3w6v-d 4lad-d 4nya-2 2hom-d 4nyg-d 2hoj-d 4nyb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
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アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

X: TPP riboswitch

Y: TPP riboswitch

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: TPP riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
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2

Y: TPP riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.819, 29.558, 95.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 XY

#1: RNA鎖	TPP riboswitch 分子量: 26042.248 Da / 分子数: 2 / 断片: sensing domain / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription

-
非ポリマー , 5種, 325分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.59 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.9 詳細: 28 % PEG4000, 100 mM Na-acetate, pH 4.8, and 200 mM NH4-acetate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.90

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	1.1
シンクロトロン	NSLS	X25	2		1.1407, 1.1411, 1.1201

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2005年11月7日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2005年11月7日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SI 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	1.1407	1
3	1.1411	1
4	1.1201	1

反射

解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 27007 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.062

反射シェル

解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
CAD4		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 9.414 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	1337	5 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.21	25258	99.8 %	-
all	-	25309	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.76 Å²	0 Å²	-2.37 Å²
2-	-	1.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	3442	63	312	3817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.021	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.043	3	6115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.164	0.3	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.284	0.5	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.5	449
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.141	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.3	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.199	1.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.435	2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.85	3	4151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.196	4.5	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	98	-
R_work	0.285	1850	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5548	-8.3424	3.1239	13.8257	-0.1275	3.6837	0.4421	0.2056	-0.0882	-0.1476	-0.5312	-0.3718	0.4062	-0.0891	0.0891	0.0322	-0.0223	0.0404	-0.0752	0.1377	0.0391	-22.448	1.057	-25.338
2	6.8186	1.7147	1.0639	7.5176	-1.9691	6.658	-0.0598	-0.0283	0.3076	-0.2099	-0.2076	0.1167	-0.1825	-0.2278	0.2674	-0.0222	0.1008	0.0664	-0.1142	-0.0002	-0.0193	40.036	-0.184	64.692
3	6.2186	-0.8192	2.826	3.5808	-1.6046	3.3589	-0.3249	0.5839	0.5866	-0.3533	-0.1552	-0.3612	-0.5217	0.4263	0.4801	-0.1152	-0.0154	0.0802	-0.164	0.0446	-0.0329	-15.897	-1.114	-7.928
4	5.0196	-2.0482	2.3271	4.6454	-0.8595	4.9786	0.2944	0.8711	-0.6504	-0.1426	0.143	-0.0811	0.4815	0.7966	-0.4373	-0.0787	0.0293	0.0361	0.0993	-0.1288	0.038	24.844	2.172	55.213
5	0.9816	0.4867	0.2468	2.099	0.1856	1.261	0.1009	-0.2134	-0.0952	0.2772	-0.0791	-0.1273	-0.1813	0.2004	-0.0217	-0.1446	-0.0226	0.0807	-0.1226	0.0177	-0.0758	-4.275	-9.672	11.187
6	3.1155	0.8479	4.332	1.8549	-0.143	7.0998	-0.0564	0.233	-0.4193	-0.3695	0.4038	-0.1589	0.2329	0.2628	-0.3474	0.0292	-0.0656	0.0498	0.0736	-0.1008	0.0041	11.019	10.607	38.865
7	2.8451	0.2833	0.1843	2.7122	-0.4823	1.0377	0.0861	-0.0418	-0.1683	-0.022	-0.0483	0.0849	0.0096	-0.0292	-0.0378	-0.1982	0.0059	0.0941	-0.2037	0.0076	-0.0451	-25.223	-15.661	1.76
8	2.5407	-0.8284	0.4015	1.6758	-0.1264	2.7663	-0.1894	-0.0125	-0.1806	0.1865	0.0806	0.0444	-0.3455	-0.0702	0.1088	0.0281	0.0844	0.0548	0.0856	-0.0472	-0.006	10.968	14.181	62.492

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	A	10 - 14	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	X	A	85 - 89	76 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	2	Y	B	10 - 14	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	2	Y	B	85 - 89	76 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	3	X	A	15 - 20	6 - 11
6	X-RAY DIFFRACTION	3	X	A	45 - 51	36 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	4	Y	B	15 - 20	6 - 11
8	X-RAY DIFFRACTION	4	Y	B	45 - 51	36 - 42
9	X-RAY DIFFRACTION	5	X	A	21 - 44	12 - 35
10	X-RAY DIFFRACTION	5	X	J	103	1
11	X-RAY DIFFRACTION	6	Y	B	21 - 44	12 - 35
12	X-RAY DIFFRACTION	6	Y	M	113	1
13	X-RAY DIFFRACTION	7	X	A	52 - 84	43 - 75
14	X-RAY DIFFRACTION	7	X	H - I	101 - 102	1
15	X-RAY DIFFRACTION	7	X	C - G	121 - 125	1
16	X-RAY DIFFRACTION	7	X	N	100	1
17	X-RAY DIFFRACTION	8	Y	B	52 - 84	43 - 75
18	X-RAY DIFFRACTION	8	Y	K - L	111 - 112	1
19	X-RAY DIFFRACTION	8	Y	O	100	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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