PDB-2gd9: Crystal structure of a putative dihydrofolate reductase (bsu40760...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gd9

タイトル

Crystal structure of a putative dihydrofolate reductase (bsu40760, yyap) from bacillus subtilis at 2.30 A resolution

要素

Hypothetical protein yyaP

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (2636623) from BACILLUS SUBTILIS at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gd9.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gd9.ent.gz	67.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/2gd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/2gd9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zm7-4 3zm7-1 3f5s-d 6z3g-1 3f1l-d 1gsi-1 1w8k-d 3gnb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 359096

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein yyaP

B: Hypothetical protein yyaP

ヘテロ分子

44.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.915, 64.915, 143.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	LYS	A	A	0 - 55	1 - 56
2	1	GLY	LYS	B	B	0 - 55	1 - 56
1	2	LYS	TYR	A	A	74 - 86	75 - 87
2	2	LYS	TYR	B	B	74 - 86	75 - 87
1	3	ILE	TRP	A	A	106 - 186	107 - 187
2	3	ILE	ASN	B	B	106 - 187	107 - 188

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Hypothetical protein yyaP 分子量: 22007.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yyaP / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: P37508
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.9 詳細: 0.2M (NH4)2HPO4, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 7.9, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.019859, 0.979718

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月12日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.019859	1
2	0.979718	1

反射

解像度: 2.3→64.957 Å / Num. obs: 26393 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.114 / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_sym value
2.3-2.36	100	3.7	0.747	1	7192	1925	0.747
2.36-2.42	100	3.7	0.67	1.1	7092	1902	0.67
2.42-2.49	100	3.7	0.596	1.2	6961	1861	0.596
2.49-2.57	100	3.8	0.564	1.3	6669	1775	0.564
2.57-2.66	100	3.8	0.416	1.8	6465	1724	0.416
2.66-2.75	100	3.7	0.342	2.1	6340	1695	0.342
2.75-2.85	100	3.7	0.284	2.6	6081	1622	0.284
2.85-2.97	100	3.7	0.195	3.8	5878	1572	0.195
2.97-3.1	100	3.7	0.162	4.5	5616	1499	0.162
3.1-3.25	100	3.8	0.121	6.1	5379	1432	0.121
3.25-3.43	100	3.8	0.092	7.9	5143	1370	0.092
3.43-3.64	100	3.7	0.076	9.1	4806	1283	0.076
3.64-3.89	100	3.7	0.067	10.5	4508	1204	0.067
3.89-4.2	100	3.7	0.054	9.5	4216	1132	0.054
4.2-4.6	100	3.7	0.042	16.1	3901	1044	0.042
4.6-5.14	100	3.7	0.038	19.2	3488	945	0.038
5.14-5.94	100	3.7	0.043	16.2	3086	835	0.043
5.94-7.27	100	3.7	0.048	14.9	2632	714	0.048
7.27-10.29	100	3.6	0.026	25.7	1986	551	0.026
10.29-64.96	98.4	3.3	0.02	29.7	1018	308	0.02

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→59.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 12.184 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.207
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	1364	5.2 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
all	0.21	-	-	-
obs	0.20966	26334	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.972 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→59.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2825	0	27	155	3007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.524	1.948	3949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.855	3	6244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.871	5	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.179	24.71	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.373	15	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.522	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.164	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	2620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.15	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.708	1.5	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.126	1.5	722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.17	2	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.607	3	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.483	4.5	1157

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	328	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
1	521	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
1	328	MEDIUM THERMAL	0.45	2
1	521	LOOSE THERMAL	0.97	10
2	78	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
2	146	LOOSE POSITIONAL	0.81	5
2	78	MEDIUM THERMAL	0.96	2
2	146	LOOSE THERMAL	1.95	10
3	472	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.5
3	768	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
3	472	MEDIUM THERMAL	0.69	2
3	768	LOOSE THERMAL	1.09	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	95	-
R_work	0.275	1824	-
obs	-	1919	99.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1127	-0.1111	-0.1891	0.4902	-0.0655	2.2774	0.0122	0.0528	-0.064	-0.0263	0.0276	0.0585	0.2152	-0.2131	-0.0397	-0.0571	-0.0538	0.0058	-0.0049	-0.0036	-0.0628	17.2326	28.0834	83.681
2	0.5083	0.3384	-0.4054	1.5452	-0.7035	2.525	0.0562	-0.0376	0.0997	0.0151	0.0281	0.1701	-0.293	-0.1067	-0.0843	0.0017	0.0221	-0.0094	-0.0903	0.0033	-0.0488	28.37	47.0015	59.8926

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 0 - 186 / Label seq-ID: 1 - 187

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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