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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gag | ||||||
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タイトル | Heteroteterameric sarcosine: structure of a diflavin metaloenzyme at 1.85 a resolution | ||||||
![]() | (heterotetrameric sarcosine oxidase ...) x 4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Sarcosine oxidase / Flavoenzyme / Electron transfer / Folate-methylating enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() sarcosine oxidase (5,10-methylenetetrahydrofolate-forming) / sarcosine catabolic process / sarcosine oxidase activity / tetrahydrofolate metabolic process / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Z.W. / Hassan-Abdulah, A. / Zhao, G. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Heterotetrameric sarcosine oxidase: structure of a diflavin metalloenzyme at 1.85 a resolution. 著者: Chen, Z.W. / Hassan-Abdulah, A. / Zhao, G. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S. #1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2005 タイトル: Cloning, expression and crystallization of heterotetrameric sarcosine oxidase from Pseudomonas maltophilia | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 365.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 284.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 75.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 111.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a heterotetramer. |
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要素
-Heterotetrameric sarcosine oxidase ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 103218.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: soxA / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44117.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: soxB / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 22235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: soxG / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 11395.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: soxD / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 8種, 1487分子 ![](data/chem/img/FOA.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO3.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO3.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NAD / | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 化合物 | ChemComp-SO3 / | #9: 化合物 | ChemComp-FAD / | #10: 化合物 | ChemComp-FMN / | #11: 化合物 | ChemComp-ZN / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.44 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 17% PEG 20000, 0.1M Tris, 0.04M sodium fuorate and 0.01M sodium sulfite., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月2日 |
放射 | モノクロメーター: APS BEAMLINE 14 BMC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 164316 / Num. obs: 157579 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 14815 / % possible all: 91.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2GAH 解像度: 1.85→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1117856.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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