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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g7y | ||||||
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タイトル | Human Cathepsin S with inhibitor CRA-16981 | ||||||
![]() | Cathepsin S | ||||||
![]() | HYDROLASE / papain / cysteine protease / 16981 | ||||||
機能・相同性 | ![]() cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures ...cathepsin S / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / toll-like receptor signaling pathway / antigen processing and presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / fibronectin binding / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / laminin binding / collagen binding / MHC class II antigen presentation / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein processing / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / tertiary granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / immune response / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Somoza, J.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human Cathepsin S with inhibitor CRA-16981 著者: Somoza, J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is probably the monomer. The asymmetric unit contains two monomers. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25006.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P25774, cathepsin S #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 22.5%-30% PEG 8K, 0.1 M sodium citrate (pH 5.0), 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 38454 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Num. unique obs: 1926 / Χ2: 0.792 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
Phasing MR | Rfactor: 0.365 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.673
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 42.944 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.912 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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