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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g73 | ||||||
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タイトル | Y104F mutant type 1 IPP isomerase complex with EIPP | ||||||
要素 | Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / DNA damage response / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | de Ruyck, J. / Wouters, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural role for Tyr-104 in Escherichia coli isopentenyl-diphosphate isomerase: site-directed mutagenesis, enzymology, and protein crystallography. 著者: de Ruyck, J. / Durisotti, V. / Oudjama, Y. / Wouters, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2g73.cif.gz | 88.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2g73.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2g73.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2g73_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2g73_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2g73_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2g73_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g73 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20628.391 Da / 分子数: 2 / 変異: Y104F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q46822, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 2000 mme, MANGANESE AND MAGNESIUM CHLORIDE, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54179 / 波長: 1.54179 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月30日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→10 Å / Num. all: 33019 / Num. obs: 28124 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 92.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1HX3 解像度: 1.97→10 Å / Num. parameters: 12001 / Num. restraintsaints: 11947 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2969 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→10 Å
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拘束条件 |
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