PDB-2g6b: Crystal structure of human RAB26 in complex with a GTP analogue

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g6b

タイトル

Crystal structure of human RAB26 in complex with a GTP analogue

要素

Ras-related protein Rab-26

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / G-PROTEIN / RAB / GTP ANALOGUE / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

exocrine system development / regulation of protein catabolic process at presynapse, modulating synaptic transmission / : / : / GMP binding / regulated exocytosis / regulation of exocytosis / RAB geranylgeranylation / Golgi to plasma membrane protein transport / secretory granule membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, J. / Tempel, W. / Shen, Y. / Shen, L. / Yaniw, D. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human RAB26 in complex with a GTP analogue
著者: Wang, J. / Tempel, W. / Shen, Y. / Shen, L. / Yaniw, D. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2006年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g6b.cif.gz	50.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g6b.ent.gz	33.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/2g6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/2g6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5wdd-2 6r1g-2 6ykz-2 6zd4-2 6syz-2 6ym7-2 6zd9-1 6szn-1 6t0x-1 6t11-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ras-related protein Rab-26

ヘテロ分子

20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.368, 55.614, 92.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

not known

#1: タンパク質	Ras-related protein Rab-26 分子量: 20095.055 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 56-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB26 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE-3)-RIL / 参照: UniProt: Q9ULW5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M NH4SO4, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 12581 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.173 / Χ²: 1.017 / Net I/σ(I): 4.4

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²
2-2.07	95.7	6.3	0.841	1178	0.863
2.07-2.15	99.3	7.2	0.716	1224	0.866
2.15-2.25	100	7.7	0.603	1240	0.923
2.25-2.37	99.9	7.8	0.495	1231	0.903
2.37-2.52	100	7.8	0.44	1253	0.927
2.52-2.71	100	7.9	0.358	1250	0.909
2.71-2.99	100	7.9	0.235	1259	1.042
2.99-3.42	100	7.9	0.139	1277	1.122
3.42-4.31	100	7.8	0.088	1286	1.274
4.31-30	100	7.4	0.068	1383	1.262

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	19.58 Å
Translation	2.5 Å	19.58 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1G16_A

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / WR_factor R_free: 0.236 / WR_factor R_work: 0.181 / SU B: 4.67 / SU ML: 0.133 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.192
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARP/wARP was also used for the refinement.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2769	609	4.876 %
R_work	0.2096	-	-
all	0.213	-	-
obs	-	12491	99.673 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.721 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.059 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.615 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.674 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1272	0	37	62	1371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.984	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.018	3	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.4	5	167
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.279	24.386	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.782	15	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.854	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.3	261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.3	890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.5	672
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.027	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.202	0.3	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.31	0.3	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.311	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.367	2	839
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.558	2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.22	3	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.342	2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.249	3	516

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.052	0.408	42	0.272	849	0.278	917	97.165
2.052-2.108	0.356	53	0.239	811	0.246	865	99.884
2.108-2.169	0.382	44	0.233	809	0.24	864	98.727
2.169-2.235	0.281	36	0.217	787	0.22	823	100
2.235-2.308	0.261	43	0.204	780	0.208	824	99.879
2.308-2.388	0.247	38	0.204	734	0.207	772	100
2.388-2.478	0.251	38	0.208	721	0.21	759	100
2.478-2.578	0.298	34	0.216	693	0.22	729	99.726
2.578-2.692	0.244	35	0.223	673	0.224	708	100
2.692-2.822	0.297	29	0.224	648	0.227	677	100
2.822-2.973	0.244	30	0.226	624	0.227	654	100
2.973-3.152	0.253	30	0.221	579	0.223	609	100
3.152-3.367	0.246	21	0.202	551	0.204	572	100
3.367-3.633	0.334	29	0.185	519	0.191	548	100
3.633-3.974	0.28	24	0.192	472	0.196	496	100
3.974-4.433	0.244	26	0.167	436	0.172	462	100
4.433-5.1	0.236	17	0.163	402	0.166	419	100
5.1-6.202	0.349	12	0.248	339	0.251	351	100
6.202-8.589	0.317	21	0.246	270	0.251	291	100
8.589-30	0.128	7	0.232	185	0.227	192	100

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