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- PDB-2g64: Structure of Caenorhabditis elegans 6-pyruvoyl tetrahydropterin s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g64
タイトルStructure of Caenorhabditis elegans 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase
要素Putative 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
キーワードLYASE / TETRAHYDROBIOPTERIN BIOSYNTHESIS / PHOSPHATE ELIMINATION / PTERINE SYNTHESIS / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase / 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase, cysteine active site / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase signature 1. / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD family / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD superfamily / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wengerter, B.C. / Patskovsky, Y. / Zhan, C. / Ramagopal, U. / Milstein, S. / Vidal, M. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Caenorhabditis Elegans 6-Pyruvoyl Tetrahydropterin Synthase
著者: Wengerter, B.C. / Patskovsky, Y. / Zhan, C. / Ramagopal, U. / Milstein, S. / Vidal, M. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle ...audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2595
ポリマ－16,0551
非ポリマー2034
水3,009167
1
A: Putative 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,55330
ポリマ－96,3326
非ポリマー1,22124
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_456y-1/3,x+1/3,-z+4/31
crystal symmetry operation11_566x-y+2/3,-y+4/3,-z+4/31
crystal symmetry operation12_556-x+2/3,-x+y+1/3,-z+4/31
Buried area14840 Å2
ΔGint-352 kcal/mol
Surface area37860 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.792, 69.792, 160.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Putative 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase / PTPS / PTP synthase


分子量: 16055.360 Da / 分子数: 1 / 変異: C140S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: B0041.6 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI
参照: UniProt: O02058, 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 MM HEPES, 1 M SODIUM SUCCINATE, PH 7.00, 1% PEG 2000ME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月31日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 14091 / Num. obs: 14091 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Mean I/σ(I) obs: 14.6 / Num. unique all: 1380 / Rsym value: 0.103 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B66

1b66


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 2.541 / SU ML: 0.081 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21902 442 3.1 %RANDOM
Rwork0.16058 ---
all0.163 13641 --
obs0.16238 13641 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.05 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.16 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.171 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1124 0 9 167 1300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.9651666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2275163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.92324.3453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.94415246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.58156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.3560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.5833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.5233
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1930.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.389
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.280.533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1362737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.34631217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.1723499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.8775436
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 30 -
Rwork0.208 981 -
obs-981 97.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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