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- PDB-2g5k: Crystal Structure of the Homo sapiens Cytoplasmic Ribosomal Decod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g5k
タイトルCrystal Structure of the Homo sapiens Cytoplasmic Ribosomal Decoding Site complexed with Apramycin
要素5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
キーワードRNA / aminoglycoside / antibiotics / apramycin / ribosome / decoding site / Homo sapiens / cytoplasm
機能・相同性APRAMYCIN / COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kondo, J. / Francois, B. / Urzhumtsev, A. / Westhof, E.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Homo sapiens Cytoplasmic Ribosomal Decoding Site Complexed with Apramycin
著者: Kondo, J. / Francois, B. / Urzhumtsev, A. / Westhof, E.
履歴
登録2006年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1618
ポリマ－14,7112
非ポリマー1,4506
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.123, 33.123, 116.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3'


分子量: 7355.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-AM2 / APRAMYCIN / NEBRAMYCIN II / 4-O-(3ALPHA-AMINO-6ALPHA-((4-AMINO-4-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY)-2,3,4,5ABETA,6,7,8,8AALPHA-OCTAHYDRO-8BETA-HYDROXY-7BETA-(METHYLAMINO)PYRANO(3,2-B)PYRAN-2ALPHA-YL)-2-DEOXY-D-STREPTAMINE


分子量: 539.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41N5O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 50mM sodium cacodylate, 10mM hexammine cobalt chloride, 150mM potassium chloride, 1%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 5%(v/v) glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2hexammine cobalt chloride11
3potassium chloride11
42-methyl-2,4-pentanediol11
5glycerol11
6H2O11
7sodium cacodylate12
8hexammine cobalt chloride12
9potassium chloride12
10glycerol12
11H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月18日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→27.85 Å / Num. obs: 3533 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.59 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 16.8 / Scaling rejects: 151
反射 シェル

% possible obs: 100 %

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsΧ2
2.8-2.95.760.3972.119933460.35
2.9-3.025.760.3092.721903800.42
3.02-3.155.740.1515.118723260.53
3.15-3.325.780.1317.521213670.67
3.32-3.535.740.10310.119183340.82
3.53-3.85.730.08713.420923640.93
3.8-4.185.560.06321.120243611.17
4.18-4.785.430.05428.519423541.34
4.78-6.015.370.04338.318493371.61
6.01-27.855.010.03845.518863642.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→10 Å / FOM work R set: 0.722 / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 347 10.1 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs-3437 100 %-
溶媒の処理Bsol: 75.808 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 93.873 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.932 Å2-1.148 Å20 Å2
2--7.932 Å20 Å2
3----15.865 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 938 102 15 1055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.8-2.920.578340.553389423
2.92-3.070.51490.426378427
3.07-3.260.284490.155387436
3.26-3.50.302540.258369423
3.5-3.840.256410.282399440
3.84-4.350.308380.258386424
4.35-5.340.19460.234390436
5.34-100.273360.239392428
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION2am2_xplor.paramam2_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION3nco_xplor.paramnco_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION4mo6_xplor.parammo6_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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