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- PDB-2g0j: Crystal structure of SMU.848 from Streptococcus mutans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g0j
タイトルCrystal structure of SMU.848 from Streptococcus mutans
要素hypothetical protein SMU.848
キーワードUNKNOWN FUNCTION / 2-layer (alpha-beta)-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / ribosome biogenesis / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine protease Prp / Cysteine protease Prp / Cysteine protease Prp superfamily / Cysteine protease Prp / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal processing cysteine protease Prp
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hou, H.-F. / Gao, Z.-Q. / Li, L.-F. / Liang, Y.-H. / Su, X.-D. / Dong, Y.-H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of SMU.848 from Streptococcus mutans
著者: Hou, H.-F. / Gao, Z.-Q. / Xu, J.-H. / Xu, R. / Li, L.-Q. / Li, L.-F. / Liang, Y.-H. / Su, X.-D. / Liu, P. / Xian, D.-C. / Dong, Y.-H.
履歴
登録2006年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02024年3月13日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein SMU.848
B: hypothetical protein SMU.848
C: hypothetical protein SMU.848
D: hypothetical protein SMU.848


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8314
ポリマ－62,8314
非ポリマー00
水1,33374
1
A: hypothetical protein SMU.848
B: hypothetical protein SMU.848


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4162
ポリマ－31,4162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10690 Å2
手法PISA
2
C: hypothetical protein SMU.848
D: hypothetical protein SMU.848


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4162
ポリマ－31,4162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
3
A: hypothetical protein SMU.848
B: hypothetical protein SMU.848

A: hypothetical protein SMU.848
B: hypothetical protein SMU.848

C: hypothetical protein SMU.848
D: hypothetical protein SMU.848

C: hypothetical protein SMU.848
D: hypothetical protein SMU.848


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,6638
ポリマ－125,6638
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
crystal symmetry operation3_454-x+y-1,-x,z-1/31
crystal symmetry operation4_455y-1,x,-z1
Buried area12170 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area38710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.160, 78.160, 130.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein SMU.848


分子量: 15707.851 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
プラスミド: Pet28(a) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DUQ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-NaOH, PH 7.5, 28% PEG 400, 0.2M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月20日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6 % / Av σ(I) over netI: 7 / 数: 71233 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.06 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11810 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.0350127298.70.0440.9325.6
4.796.03121099.80.0631.1136.1
4.184.79119699.70.0591.1036.1
3.84.18118199.80.0881.0776
3.533.8116099.80.1181.1156.1
3.323.53117399.80.1541.0936.1
3.153.32116599.90.2361.0696.1
3.023.15114899.90.3381.0846.2
2.93.02115699.90.4631.0286.2
2.82.9114999.70.5991.0016
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 11846 / Num. obs: 11810 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Num. unique obs: 1149 / Χ2: 1.001 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MAR345データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1160 9.8 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.264 11229 --
obs0.24 11196 94.8 %-
溶媒の処理Bsol: 41.63 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 38.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.102 Å2-10.422 Å20 Å2
2---8.102 Å20 Å2
3---16.203 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3466 0 0 74 3540
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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