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- PDB-2fxt: Crystal Structure of Yeast Tim44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fxt
タイトルCrystal Structure of Yeast Tim44
要素Import inner membrane translocase subunit TIM44
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Mitochondrial Translocase
機能・相同性
機能・相同性情報


PAM complex, Tim23 associated import motor / extrinsic component of mitochondrial inner membrane / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / intracellular protein transport / protein-folding chaperone binding / protein-macromolecule adaptor activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim44 / Tim44-like / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #240 / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Josyula, R. / Sha, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of Yeast Mitochondrial Peripheral Membrane Protein Tim44p C-terminal Domain.
著者: Josyula, R. / Jin, Z. / Fu, Z. / Sha, B.
履歴
登録2006年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Import inner membrane translocase subunit TIM44


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0181
ポリマ－22,0181
非ポリマー00
水00
1
A: Import inner membrane translocase subunit TIM44

A: Import inner membrane translocase subunit TIM44


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0362
ポリマ－44,0362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)124.250, 124.250, 77.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Import inner membrane translocase subunit TIM44 / Mitochondrial protein import protein 1


分子量: 22018.156 Da / 分子数: 1 / 断片: C- Terminal domain, residues 245-425 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TIM44 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: Q01852

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4.1M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9789, 0.9793, 0.9743
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.97931
30.97431
反射解像度: 3.2→48.55 Å / Num. all: 5555 / Num. obs: 5555 / % possible obs: 89.1 %
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→48.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 1592249.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.368 539 9.7 %RANDOM
Rwork0.316 ---
all0.316 5555 --
obs0.316 5555 89.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.282987 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 86.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.26 Å222.98 Å20 Å2
2---17.26 Å20 Å2
3---34.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.7 Å0.56 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.07 Å0.91 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1551 0 0 0 1551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.712.5
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.078 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.46 35 11.9 %
Rwork0.419 260 -
obs-260 27.1 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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