PDB-2fx5: Pseudomonas mendocina lipase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fx5

タイトル

Pseudomonas mendocina lipase

要素

lipase

キーワード

HYDROLASE / alpha-beta hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

Cutinase / PET hydrolase-like / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pseudomonas mendocina (バクテリア)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bott, R. / Wu, S.

履歴

登録	2006年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THERE WAS NO SEQUENCE DATABASE REFERENCE AT TIME OF PROCESSING.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fx5.cif.gz	63.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fx5.ent.gz	46.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fx5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fx5_validation.pdf.gz	388.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fx5_full_validation.pdf.gz	401.4 KB	表示
XML形式データ	2fx5_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	2fx5_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/2fx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/2fx5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2b1n-d 4yyv-d 2sba-d 4w7f-d 4yys-1 4bsq-d 4bqv-5 5h89-2 5qch-2 5aci-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: lipase

ヘテロ分子

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.50, 58.50, 145.00
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-324- HOH

#1: タンパク質	lipase 分子量: 27628.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア) 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) 参照: UniProt: Q9HXQ8, UniProt: A4Y035*PLUS, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 50 mM sodium acetate, 18% saturated potassium tartrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 19100 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / R_merge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
タンパク質	モデル構築
PROLSQ	精密化
タンパク質	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
all	0.178	19100
obs	-	19100

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1947	0	10	104	2061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	3.1
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.02

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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