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万見
- PDB-2fx3: Crystal Structure Determination of E. coli Elongation Factor, Tu ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fx3
タイトルCrystal Structure Determination of E. coli Elongation Factor, Tu using a Twinned Data Set
要素Elongation factor Tu
キーワードTRANSLATION / EF-Tu / merohedral twinning
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor complex / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Elongation factor Tu 1 / Elongation factor Tu
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Heffron, S.E. / Moeller, R. / Jurnak, F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Solving the structure of Escherichia coli elongation factor Tu using a twinned data set.
著者: Heffron, S.E. / Moeller, R. / Jurnak, F.
履歴
登録2006年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6773
ポリマ－43,2091
非ポリマー4682
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.550, 69.550, 169.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor Tu / EF-Tu


分子量: 43209.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: gene: tufA / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83JC4, UniProt: P0CE47*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.45 mM EF-Tu in 50 mM Tris, pH 7.8, 10 mM GDP, 10 mM magnesium chloride, 0.5% PEG 3350, 5.5 mM ammonium acetate, 2.7 mM ammonium citrate, 1.34 mM ChemDiv compound 1013-0135, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 0.45 mM EF-Tu in 50 mM Tris, pH 7.8, 10 mM GDP, 10 mM magnesium chloride, 0.5% PEG 3350, 5.5 mM ammonium acetate, 2.7 mM ammonium citrate, 1.34 mM ChemDiv compound 1013-0135, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→60.232 Å / Num. obs: 6312 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rsym value: 0.174 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 5800 / Num. unique obs: 844 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D8T, chain A

1d8t


解像度: 3.4→60.232 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used CNS specialized task files for refinement with hemihedrally twinned data. Twin operator was (-h,-k,l), and twin fraction was 0.294. R-factors reported are the twinned R-factors from CNS. ...詳細: Used CNS specialized task files for refinement with hemihedrally twinned data. Twin operator was (-h,-k,l), and twin fraction was 0.294. R-factors reported are the twinned R-factors from CNS. (R-factors after detwinning: R-work=0.2867, R-free=0.3267)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2619 586 8.4 %Used CNS task file make_cv_twin.inp to select cross-validation set such that pairs of twin-related reflections were designated to be in the same set, either the working set or the test set.
Rwork0.197 ---
all-6987 --
obs-6083 87.1 %-
溶媒の処理Bsol: 73.771 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 75.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.819 Å22.011 Å20 Å2
2--8.819 Å20 Å2
3----17.639 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→60.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2981 0 29 4 3014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0114
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.73
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.688
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.184
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2MYTOPPAR:gdp_cns4.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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