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万見
- PDB-2fwm: Crystal Structure of E. coli EntA, a 2,3-dihydrodihydroxy benzoat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fwm
タイトルCrystal Structure of E. coli EntA, a 2,3-dihydrodihydroxy benzoate dehydrogenase
要素2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enterobactin / Rossmann Fold / chorismate metabolism / short-chain oxidoreductase / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase / 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase activity / enterobactin biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Duax, W.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Determination of the crystal structure of EntA, a 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoic acid dehydrogenase from Escherichia coli.
著者: Sundlov, J.A. / Garringer, J.A. / Carney, J.M. / Reger, A.S. / Drake, E.J. / Duax, W.L. / Gulick, A.M.
履歴
登録2006年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE After removal of the tag with TEV protease, a Gly-His sequence remains upstream of Met at position 1

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4671
ポリマ－26,4671
非ポリマー00
水1,964109
1
X: 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase

X: 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase

X: 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase

X: 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8674
ポリマ－105,8674
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area9990 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area29890 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.585, 66.643, 109.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細Tetramer formed around crystallographic 222 symmetry

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要素

#1: タンパク質 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase


分子量: 26466.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: entA / プラスミド: pET15b-TEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P15047, 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5
詳細: 2% PEG4000, 2% ethylene glycol, 300 mM AmSO4, 50 mM NaSuccinate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.00

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14485 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / % possible all: 70

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.86 / FOM acentric: 0.86 / FOM centric: 0.83 / 反射: 14387 / Reflection acentric: 12756 / Reflection centric: 1631
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.7-33.30.960.960.91691497194
3.6-5.70.950.970.8919961679317
2.9-3.60.930.940.8624742172302
2.5-2.90.870.880.7824272189238
2.1-2.50.830.830.8142153848367
2-2.10.730.730.725842371213

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
RESOLVE2.09位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.454 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 706 4.9 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all-14902 --
obs-14333 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1542 0 0 109 1651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal targetWeight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d15690.0080.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg21291.0821.937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2104.6545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6635.9324.697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24115.11915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg920.87815
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr2510.0810.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined11910.0030.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined7090.1920.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined10870.3010.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined1150.1330.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined580.1530.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined150.1530.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10720.9172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16481.523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5600.8862
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4811.4383
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 41 -
Rwork0.188 727 -
obs--71.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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